考取南京医科大学的研究生总体难度相对容易。因为南京医科大学既不是985也不是211，所以竞争强度会小很多，不过想考南京医科大学王牌专业还是有一定难度的。此外，南京医科大学研究生复试分数线也是衡量考研难度的标准之一。
南京医科大学考研复试分数线
| 院校名称 | 所在院系 | 所招专业 | 总分 | 政治/科目一 | 外语/科目二 | 科目三 | 科目四 |
| 南京医科大学 | 第一临床医学院 | 外科学 | 305 | 43 | 50 | 129 | 0 |
| 南京医科大学 | 第三临床医学院 | 生物医学工程 | 270 | 39 | 39 | 59 | 59 |
| 南京医科大学 | 基础医学院 | 生物化学与分子生物学 | 308 | 43 | 43 | 129 | 129 |
| 南京医科大学 | 基础医学院 | 生理学 | 305 | 43 | 43 | 129 | 129 |
| 南京医科大学 | 基础医学院 | 神经生物学 | 305 | 42 | 42 | 126 | 126 |
| 南京医科大学 | 基础医学院 | 人体解剖与组织胚胎学 | 305 | 43 | 43 | 129 | 0 |
| 南京医科大学 | 第一临床医学院 | 皮肤病与性病学 | 305 | 43 | 50 | 129 | 0 |
| 南京医科大学 | 基础医学院 | 免疫学 | 305 | 43 | 43 | 129 | 0 |
| 南京医科大学 | 第一临床医学院 | 麻醉学 | 305 | 43 | 50 | 129 | 0 |
| 南京医科大学 | 第三临床医学院 | 临床检验诊断学 | 305 | 43 | 50 | 129 | 0 |
| 南京医科大学 | 第二临床医学院 | 临床检验诊断学 | 305 | 43 | 50 | 129 | 0 |
| 南京医科大学 | 第四临床医学院 | 临床检验诊断学 | 305 | 43 | 50 | 129 | 0 |
| 南京医科大学 | 第一临床医学院 | 临床检验诊断学 | 305 | 43 | 50 | 129 | 0 |
| 南京医科大学 | 口腔医学院 | 口腔临床医学 | 305 | 43 | 50 | 129 | 0 |
| 南京医科大学 | 第一临床医学院 | 口腔临床医学 | 305 | 43 | 50 | 129 | 0 |
| 南京医科大学 | 口腔医学院 | 口腔基础医学 | 305 | 43 | 50 | 129 | 0 |
| 南京医科大学 | 第一临床医学院 | 急诊医学 | 305 | 43 | 50 | 129 | 0 |
| 南京医科大学 | 护理学院 | 护理学 | 305 | 43 | 43 | 129 | 0 |
| 南京医科大学 | 基础医学院 | 病原生物学 | 305 | 43 | 43 | 129 | 0 |
| 南京医科大学 | 基础医学院 | 病理学与病理生理学 | 305 | 43 | 43 | 129 | 0 |