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1988年2月4日出生于浙江省湖州市德清县新市镇的一个没落商人家庭，家境贫寒。
1903年，放弃了接受传统教育，选择入读具有新式教学体制的西式学堂萃英书院学习。
1903年，转入由美南监理会开办的东吴大学附属中学求学，并在几年后顺利考入东吴大学。
1905年，奉父母之命，和比他年长两岁的小商人之女童定珍结婚。
1907年，赵紫宸在世界基督教学生同盟总干事约翰·穆德以及东吴大学校长孙乐文的影响下受洗成为基督徒。
1910年，上海东吴大学毕业，获文学学士学位，在东吴大学附中任教。主讲英文、算术、圣经等科目。
1911年，发表杂说四则：幽暗先生、北地老人、洗衣妇、孝子和论教会之自立人才。
1914年夏，代表在华监理会前往美国俄克拉何马州，参加美南监理会总会会议。
1914年秋，进入美国田纳西州范德堡大学攻读神学，同时研究社会学和哲学。
1916年，获美国田纳西州范德堡大学文学硕士学位。
1917年，获范德堡大学神学学士学位和校方颁发的创校者奖牌，其论文题为《The Problem of Evil》。回国后任东吴大学哲学教授。
1919年，为寻求中国基督教会的统一，与其他基督教学者共同在北京创立证道团并出版《生命》月刊。
1920年，在《青年进步》、《生命》刊物上发表促进宗教革新的势力、对于《信经》的我见、新境对于基督教的祈响。
1921年，在基督教青年会举办的庐山夏令营上讲授宗教问题。
1922年，任东吴大学教务长。代表江苏基督教监理会参加上海全国基督教大会，发表演讲中国教会的强点与弱点，并当选中华基督教协进会执行委员。
1923年任东吴大学文学院院长。
1924年，参加江西牯岭中华基督教协进会第二届年会，用英语发表演讲《本色教会的商榷》。
1926年，任燕京大学宗教学院宗教哲学教授兼燕京大学中文系教授。
1927年，获东吴大学文学博士学位。赴瑞士洛桑参加基督教信仰与体制大会。
1928年，任燕京大学宗教学院院长。代表中华基督教协进会参加耶路撒冷世界基督教宣教大会。
1932年，赴英国牛津大学进修并教授中国诗歌。
1933年，出席爱丁堡会议并发表演说。
1938年，代表中国基督教会参加印度坦巴兰召开的世界基督教宣教会议并发表演说。
1940年，赴国立西南联合大学演讲，讲稿在《金陵神学志》刊出。
1941年，经香港圣公会何明华主教按立为中华圣公会会长。
1941年12月8日——1942年6月1日，被日寇逮捕入狱。燕京大学被迫关闭。
1944年，与作曲家张肖虎联手创作大型清唱剧《圣诞曲——基督降生神乐》，在天津青年会礼堂举行冬赈济贫公演。
1945年，继续担任复校后的燕京大学宗教学院院长。
1946年，被司徒雷登解除宗教学院院长职务。
1947年，重新当选宗教学院院长。参加加拿大惠特比世界基督教协进会筹备会，赴美出席普林斯顿大学创立二百周年纪念会并获神学博士学位。
1948年，出席荷兰阿姆斯特丹世界基督教协会成立大会，并当选为六位主席之一。
1949年，作为宗教界五代表之一参加中国人民政治协商会议首届会议。
1950年，先后三次受到中国时任总理周恩来的接见，并参与发表宣言基督教在中华人民共和国建设中努力的途径。
1951年，为抗议美国发动朝鲜战争，辞去世界基督教协进会主席职务。
1952年，被解除教职和圣职。
1953年，华北区各神学院联合组成燕京协和神学院后，赵紫宸受聘为研究教授。
1954年8月，当选为中国基督教三自爱国运动委员会常务委员。
1979年11月21日，在北京病逝，葬于浙江湖州枫树岭陵园。次年，遗作《璇玑图》在香港出版。