在日本，医学专业有9个分支，分别是：医科学(基础医学)、医学(临床医学)、和社会医学、口腔医学和看护学、药学、生物学、医疗福祉学。
1. 基础医学
本科6年，硕士2年，博士3年
研究人的生命和疾病现象的本质及其规律的自然科学。其所研究的关于人体的健康与疾病的本质及其规律为其他所有应用医学所遵循。
内容包括：解剖学和组织学，生理学，病理学，疾病学，微生物学，生化学·营养学，药理学，免疫学，遗传学。神经科学。放射生物学等。这些课程设置在日本的大学里面一般是设置在医学研究科或者是药学研究科里，除了这2个研究科之外，有时也会分布在在理学研究科和理工学研究科的生物学专攻下面。
2.临床医学
本科6年，博士4年
是一门实践性很强的应用科学专业。旨在培养具备基础医学、临床医学的基本理论和医疗预防的基本技能;能在医疗卫生单位、医学科研等部门从事医疗及预防、医学科研等方面工作的医学高级专门人才。
内容包括：呼吸器内科学、免疫代谢内科学、消化器内科学、循环病态内科学、血液内科学、健康管理医学、放射线医学、校医学、放射线治疗医学、应用分子画像科学、放射性医学综合研究、消化器外科学、肾泌尿器外科学、循环器呼吸器外科学、乳腺外科学、麻醉医学、急救医学、整形外科学、体育医学、复健医学、儿科学、产科生殖医学、生殖内分泌学、皮肤科学、耳鼻咽喉科学、眼科学、精神医学、脑神经外科学、神经内科学、先进医疗管理学等。
3.社会医学
本科6年，硕士2年，博士3年
是从社会学角度研究医学问题的一门学科，它研究社会因素对个体和群体健康、疾病的作用及其规律，制定各种社会措施，保护人们的身心健康和增加社会活动能力，提高生活质量。
内容包括：卫生学·细胞预防医学、公共卫生学、法医学、医疗政策评价学、医疗统计学、医学教育·综合诊疗医学、医药品医疗器械评价学等。
4. 口腔医学
本科6年，硕士2年，博士3年
在日本称为齿学，旨在培养口腔鄂颜面的外伤、疾病的表现及原因分析，并且进行预防、诊断和治疗的医师。
内容包括：基础齿学和临床齿学。
5. 看护学
本科4年，硕士2年，博士3年
就是国内的护理学。
内容包括：基础看护学、成人看护学、老人看护学、儿童看护学、女性看护学、助产学、精神看护学等。
6. 药学
日本药学一般分为2个学科：
(1)药学科(本科4年，硕士2年，博士3年)：侧重于药理和药的效用，旨在于培养药学研究者。
(2)药科学科(本科6年，博士4年)：侧重于要的理论研究和新药的研发，以培养药剂师为目的。
内容包括：分为基础药学和临床药学
7. 兽医学
本科6年，博士4年
旨在培养动物进行疾病预防、诊断病治疗的医生，大多设置在农学分野。
内容包括：基础兽医学和临床兽医学
8. 生物学
本科4年，硕士2年，博士3年
研究生命和生命有机体的自然科学，因为与医学高度连结。故又衍生生物医学科学，主要运用生物学及工程技术手段研究和解决生命科学。
内容包括：基础生物学(动物学、植物学、人类学、生物物理学);应用生物学(农业生产学、森林学、畜产学、水产学、食品学、生物材料科学、生物资源经济学、生命工学)。
9. 医疗·福祉学
本科4年，硕士2年，博士3年
内容包括：医疗福祉管理，医疗福祉经营以及临床心理学等