日本签证办好之后三个月没有去目前日本疫情很严重，而且禁止绝大多数中国人入境日本，这时候有有效的日本签证不能入境日本很正常，建议你也不要着急，在国内等待日本政府的进一步通知吧。即使签证过期也不要着急，日本政府到时候会公布补救措施的。
入管局对未入境的同学在留资格证明有效期继续进行延长：
️2019年10月1日——2019年12月31日发放的在留资格证明，有效期延期到2021年4月30日。
️2020年1月1日—-2021年1月31日发放的在留资格证明，有效期延期到2021年7月31日。
️2021年1月31日之后发放的在留资格证明，有效期延期由以前的三个月，调整到半年。
所以如果在留没有到期，只是签证到期了。
等下次出发前两个只需要重新再申请签证就好了，在留还是可以用的，不需要重复申请在留资格证明滴。
申请签证需要的材料的材料就：签证申请表、留学调查表、户口本、经费方支付人的在职证明、最终学历毕业证。
出国留学签证就是是在一个人所持的护照或旅行证件上签注（盖章），或贴上一张标签，盖章或标签带有清晰的说明文字，指明持有人进入该国的事由、允许停留的时间、或通过其领土前往其他国家的许可。
一个人如果想出国旅行、定居或者留学、结婚等，除了需要持有护照以外，还应该持有相应的签证。护照是持有者的国籍和身份证明，签证则是主权国家准许外国公民或者本国公民出入境或者经过国境的许可证明。
签证一般都签注在护照上，也有的签注在代替护照的其他旅行证件上，有的还颁发另纸签证。如美国和加拿大的移民签证是一张A4大的纸张，新加坡对外国人也发一种另纸签证，签证一般来说须与护照同时使用，方有效力。
对外国人，一般均是根据申请者的身份和入境目的发给不同的入境签证，如旅游、探亲、移民、留学、工作等签证，并限制入境后的居留时间。因签证种类不同，要求提供的有关材料也不一样。一般对以短期居留为目的的申请限制较少，等待批准的时间也较短。
对以长期居留为目的，申请则限制较多，待批的时间也较长。一个国家没有允许外国人无条件入境的义务(有条约者除外)，一个外国人也没有要求一国政府允许他入境的权利。
一个主权国家对外国人入境永远是有条件限制的。近年来，随着国际贸易、国际政治关系的发展，旅游业的兴旺，许多国家的签证规定趋于简化。各国之间也有互免签证或简化签证手续的协议。
日本留学不去了，签证下来了，不交钱会以后都不能去日本吗？在留资格下来后，学生可以选择不去，再申请的时候提交一份再申请理由书即可。语言学校的选考料其实就是报名费，是应该在申请语言学校时交的，在留下来你不去了，对语言学校肯定是一大损伤，因为占人家名额了，你不去他们就少招一个学生，对于中介来说也拿不到佣金了。日本留学签证下来后决定不去实话说，像这种情况，真的很麻烦啊。因为当你和中介办理这些手续的时候，是双方的合作关系。
但你因为自身的特殊情况，临时改变了注意，这就相当于单方面违约。
人家都帮你办好了分内的事，你临时说不去了，人家办这些的时候，怎么也是费了劲吧？办手续，都是要钱的啊！人家都帮你花了该花的钱，你却说不去了。你觉得他们能退钱给你？！何况，依照你说的情况，那就是人家中介已经办完了自己该办的事。你去不去，那就是你另考虑的事了。所以中介那里，希望不大。即使就是退钱给你，也是几千块。想必你花了一万多的中介费吧？至于日本那里就更困难了。你原本说要去留学，有临时反悔了，要知道一个国家接受一个外国人进入，最忌讳的就是无信的人！日本对你的印象会很差，你今后要以任何理由去日本，真的就有困难了。
良心建议你，如果你真的不去了，不管是钱，还是个人的信誉都会受损的。
如果你那份工作不是特别的好，就不要付出这么大的代价了。
这年头，能留学是很不容易的，我有一个同学，从小就梦想留学日本，但就是因为家里没钱，所以没有办法实现这个梦想。楼主，慎重考虑吧！