校企合作的毕业证与普通专业的毕业证是一样的。但前提是同属本科批次，才有可比性。因为校企合作毕业证和普通的毕业证都是在校期间修完学业的证明（学生都是按照正常高考，正常批次录取的），唯一的区别在于培养方式。
校企合作和普通专业的不同
区别一：课程设置不同
普通专业的学生和校企合作专业的学生，最大的区别就是课程设置上不同。普通本科专业的学生，四年里有三年的时间在学习，最后一年用来找工作，期间很少有外来文化灌输。而校企合作的专业，大多是“3+1”模式，也就是在校学三年，最后一年在企业里实习；也有的是“2.5+1.5”模式，在校学习两年半，在企业里实习一年半。
区别二：培养方式不同
从培养方式上来看，校企合作的学生，额外享受到一份来自企业的培训。因为校企合作对校方和企业方来讲，是一种双赢的培养方式。企业会培养一批符合本企业发展的人才，而学校也解决了学生的就业问题。普通专业和校企合作对比的话，在未来的就业方向以及平时上课的老师上不同。
区别三：就业路径不同
校企合作专业的学生在找工作的时候，要比普通专业的学生多一条选择。普通专业学生找工作的时候，要么参加校园招聘会，要么在社会上找工作。而校企合作的学生，在这些基础上又多了一条，那就是可以优先选择接受培养的企业。企业和学生是双向选择模式，因此学生不用担心不够自由。
区别四：学费不同
校企合作的学生在某些方面比普通专业的学生更有优势，因此在学费的问题上也会更贵一些。一般普通专业的学费是5000左右，而校企合作的专业要达到8000，甚至几万。因为高昂的学费里包含企业的服务费，也就是企业专门派人来给学生授课的费用等等。在这里要注意的是所有的收费通过校方来收，企业无权自行收取。
校企合作和普通专业可以转专业吗
普通专业和校企合作专业之间不能进行调剂，因为普通专业的招录是一个代码，校企合作这种高学费的招生计划会单独放在另一个代码之下，因此这种不同代码之间是不能完成调剂的。虽然他们不能进行调剂，但是能够进行转专业。当然转的专业也必须是本类型的专业，像校企合作的专业，不能转到普通专业上。