南京综合类大学排名第一的是南京大学，排名第二的是东南大学，以下是相关信息，供大家参考。
| 序号 | 名称 | 主管 | 城市 | 985 | 211 | 双一流 |
| 1 | 南京大学 | 教育部 | 南京 | 是 | 是 | 是 |
| 2 | 东南大学 | 教育部 | 南京 | 是 | 是 | 是 |
南京大学
南京大学（Nanjing University），简称“南大”，位于江苏省南京市，是中华人民共和国教育部直属、中央直管副部级建制的全国重点大学，位列国家“双一流”、“985工程”、“211工程” 重点建设高校，入选“珠峰计划”、“强基计划”、“111计划”、“2011计划”，为九校联盟（C9）、中国大学校长联谊会、环太平洋大学联盟、21世纪学术联盟、全球大学高研院联盟、国际应用科技开发协作网、东亚研究型大学协会、新工科教育国际联盟、中国高校行星科学联盟、长三角研究型大学联盟、学位授权自主审核单位成员，首批国家级双创示范基地。
南京大学肇始于1902年创建的三江师范学堂，此后历经两江师范学堂、南京高等师范学校、国立东南大学、国立中央大学等历史时期，1950年更名为南京大学。1952年，调整出部分院系后与创办于1888年的金陵大学文、理学院等合并，仍名南京大学。校址从四牌楼迁至鼓楼金陵大学原址。2006年，教育部和江苏省签订重点共建南京大学的协议。2011年，教育部和江苏省签署协议继续重点共建南京大学。
东南大学
东南大学（Southeast University），简称“东大”，本部位于南京，是教育部直属的全国重点大学，中央直管副部级建制，是国家“双一流”、“985工程”、“211工程”建设高校，入选“强基计划”、“2011计划”、“111计划”、卓越工程师教育培养计划、卓越医生教育培养计划、高等学校基础研究珠峰计划、学位授权自主审核单位、首批未来技术学院建设高校，为“建筑老八校”、卓越大学联盟、长三角可持续发展大学联盟、中英大学工程教育与研究联盟、中俄工科大学联盟、碳中和世界大学联盟成员。
学校肇始于1902年创建的三江师范学堂，后历经两江师范学堂、南京高等师范学校、国立东南大学、国立中央大学等重要发展时期。1952年全国高校院系调整，学校文理等科迁出，以原国立中央大学工学院为主体，先后并入复旦大学、交通大学、浙江大学、金陵大学等校的有关系科，在国立中央大学本部原址建立南京工学院。1988年5月，学校复更名为东南大学。2000年4月，原东南大学、南京铁道医学院、南京交通高等专科学校合并，南京地质学校并入，组建新的东南大学。