新疆综合类大学排名第一的是新疆大学，排名第二的是石河子大学，排名第三的是喀什大学，以下是相关信息，供大家参考。
| 序号 | 名称 | 主管 | 城市 | 985 | 211 | 双一流 |
| 1 | 新疆大学 | 新疆维吾尔自治区 | 乌鲁木齐 | 否 | 是 | 是 |
| 2 | 石河子大学 | 新疆生产建设兵团 | 石河子 | 否 | 是 | 是 |
| 3 | 喀什大学 | 新疆维吾尔自治区 | 喀什 | 否 | 否 | 否 |
| 4 | 塔里木大学 | 新疆生产建设兵团 | 阿拉尔 | 否 | 否 | 否 |
| 5 | 昌吉学院 | 新疆维吾尔自治区 | 昌吉 | 否 | 否 | 否 |
新疆大学
新疆大学（Xinjiang University），简称“新大”，位于新疆维吾尔自治区首府乌鲁木齐，是教育部与新疆维吾尔自治区人民政府“部区合建”的综合性全国重点大学、国家“双一流”建设高校、国家“211工程”建设高校、国家西部大开发重点建设高校，入选国家“111计划”、中西部高校综合实力提升工程、国家建设高水平大学公派研究生项目、中国政府奖学金来华留学生接收院校、卓越工程师教育培养计划、卓越法律人才教育培养计划、全国深化创新创业教育改革示范高校、首批高等学校科技成果转化和技术转移基地，中西部“一省一校”国家重点建设大学（Z14）联盟成员，中国—中亚国家大学联盟发起高校。
新疆大学前身是创办于1924年的新疆俄文法政专门学校。1935年1月改建为新疆学院。1960年10月1日，新疆大学正式成立。1978年，学校被国务院确定为新疆唯一的全国重点大学。1997年被列入国家首批“211工程”重点建设高校。2000年被确定为国家西部大开发重点建设高校；同年，新疆大学与原新疆工学院合并组建新的新疆大学。2004年，学校成为新疆维吾尔自治区人民政府、教育部“区部共建”高校。
石河子大学
石河子大学（Shihezi University），简称“石大”，位于新疆石河子市，由教育部和新疆生产建设兵团共建，是国家“双一流”建设高校、部省合作共建高校、国家“211工程”重点建设高校、国家“中西部高校综合实力提升工程”和“中西部高校基础能力建设工程”高校，入选国家“2011计划”、卓越医生教育培养计划、卓越工程师教育培养计划、卓越农林人才教育培养计划、国家建设高水平大学公派研究生项目、国家大学生创新性实验计划、国家级大学生创新创业训练计划、全国深化创新创业教育改革示范高校、中国政府奖学金来华留学生接收院校、国家大学生文化素质教育基地，国家西部重点建设十四所高校之一，为中西部高校联盟成员。
石河子大学历史渊源可追溯至1949年中国人民解放军第一野战军创建的第一兵团卫生学校。1996年经教育部批准，隶属农业部的原石河子医学院、石河子农学院、兵团师范专科学校、兵团经济专科学校合并组建石河子大学，所属划归新疆生产建设兵团。喀什大学
喀什大学（Kashgar University）是由新疆维吾尔自治区人民政府举办的全日制本科院校，坐落于中国历史文化名城、中国优秀旅游城市喀什，是中西部高校基础能力建设工程高校、全国100所转型发展试点高校。
学校始建于1962年，前身为喀什师范专科学校；1978年学校升格为本科院校，更名为喀什师范学院；2003年，获得硕士学位授权单位资格；2012年，被列为中西部高校基础能力建设工程高校；2015年4月，更名为喀什大学。