北京医药类大学排名第一的是北京中医药大学，排名第二的是北京协和医学院，排名第三的是首都医科大学，以下是相关信息，供大家参考。
| 序号 | 名称 | 主管 | 985 | 211 | 双一流 |
| 1 | 北京中医药大学 | 教育部 | 否 | 是 | 是 |
| 2 | 北京协和医学院 | 国家卫生健康委员会 | 否 | 否 | 是 |
| 3 | 首都医科大学 | 北京市 | 否 | 否 | 否 |
北京中医药大学
北京中医药大学（Beijing University of Chinese Medicine），简称“北中医”，位于北京市，是中华人民共和国教育部直属的以中医药学科为特色的全国重点大学，由教育部、国家卫生健康委员会、国家中医药管理局、北京市共同建设，是国家“双一流”建设高校，国家“211工程”、“985工程优势学科创新平台”建设高校，卓越医生（中医）教育培养计划改革试点高校，世界一流中医药大学建设联盟、北京卓越医学人才培养高校联盟创始成员，入选国家“111计划”、国家建设高水平大学公派研究生项目、国家大学生创新性实验计划、国家级大学生创新创业训练计划、全国深化创新创业教育改革示范高校、教育部来华留学示范基地、中国政府奖学金来华留学生接收院校。
学校始建于1956年，前身为北京中医学院，是国务院批准最早创办的高等中医药院校。1960年，学校被中央确定为全国重点大学；1971年，学校与中国中医研究院合并；1977年，两院分开，分别恢复独立办学；1993年，学校更名为北京中医药大学；1996年，入选国家“211工程”重点建设大学；2000年，学校与北京针灸骨伤学院合并，组建新的北京中医药大学。
北京协和医学院
北京协和医学院（Peking Union Medical College），位于北京市，是国家卫生健康委员会直属、与中国医学科学院实行院校合一管理体制的全国重点大学，国家“双一流”建设高校，入选卓越医生教育培养计划。
学校前身是美英基督教教会于1906年共同创办的协和医学堂。1912年，改称协和医学校。1917年，成立北京协和医学院。1919年，改名北京协和医科大学。1929年，更名私立北平协和医学院。1951年1月，学校由中央人民政府教育部和卫生部接管，且改名为中国协和医学院。历经传承与发展，学校先后更名为中国医科大学、中国首都医科大学和中国协和医科大学。2006年定名北京协和医学院。
首都医科大学
首都医科大学(Capital Medical University)，简称首医大，是北京市人民政府、国家卫生健康委员会、教育部共建院校，是北京市重点高等院校，入选国家首批“卓越医生教育培养计划”试点高校、中国政府奖学金来华留学生接收院校、国家建设高水平大学公派研究生项目、国家“特色重点学科项目”建设高校、国家生命科学与技术人才培养基地、脑重大疾病防治省部共建协同创新中心依托高校、北京市“一带一路”国家人才培养基地，京港大学联盟、北京卓越医学人才培养高校联盟创始成员。
学校建于1960年，原名北京第二医学院 ；1985年，更名为首都医学院；1986年，确定为北京市重点院校；1994年，更名为首都医科大学；2001年2月12日，北京联合大学中医药学院、北京医学高等专科学校和北京职工医学院并入学校。