云南医药类大学排名第一的是昆明医科大学，排名第二的是云南中医药大学，排名第三的是昆明医科大学海源学院，以下是相关信息，供大家参考。
| 序号 | 名称 | 主管 | 城市 |
| 1 | 昆明医科大学 | 云南省 | 昆明 |
| 2 | 云南中医药大学 | 云南省 | 昆明 |
| 3 | 昆明医科大学海源学院 | 云南省教育厅 | 昆明 |
昆明医科大学
昆明医科大学（Kunming Medical University），位于云南省昆明市，简称“昆医大”，是云南省最大的集教学、医疗、科研为一体的高等医学院校，是国家“中西部高校基础能力建设工程”重点建设高校、云南一流学科建设高校，入选教育部“卓越医生教育培养计划”试点、国家级大学生创新创业训练计划，是云南省国际医学人才培养基地、首批招收中国政府奖学金留学生院校，南亚东南亚医学教育与医疗卫生联盟发起成员。
昆明医科大学的前身是创建于1933年的东陆大学医学专修科，1956年独立建院，定名为昆明医学院，2012年经教育部批准更名为昆明医科大学，1981年成为全国首批硕士学位授予单位，1993年被列为省属重点院校，1998年获准为博士学位授予单位，2010年云南医学高等专科学校并入。
云南中医药大学
云南中医药大学（Yunnan University of Traditional Chinese Medicine），简称云中，坐落于云南省昆明市，是云南省人民政府与国家中医药管理局共建高校，全国第二批成立的高等中医药本科院校，为云南省唯一一所中医药本科院校。云南中医药大学的前身为成立于1960年的云南中医学院，1986年获硕士学位授予权，2016年成为云南省人民政府与国家中医药管理局共建高校，2018年更名为云南中医药大学。
昆明医科大学海源学院
昆明医科大学海源学院，由原昆明医学院与昆明富达发展实业（集团）有限公司于2001年6月联合创办。2001年7月开始首届招生，2003年9月实现自主招生。2004年1月通过国家教育部首批审核，确认为独立学院,是云南省唯一一所高等医药卫生类本科独立学院。
学院现有高新、杨林两个校区。高新校区坐落于举世闻名、风光秀丽的春城 — 云南省昆明市国家高新技术产业开发区内，西邻名胜古迹筇竹寺与海源寺风景区，南与美丽的高原明珠滇池遥遥相望。校园新颖漂亮，绿草茵茵、花木悦人，是昆明市政府授予的“昆明市园林式单位”。