南京医科大学比较好的专业有公共卫生与预防医学、内科学（心血管病）、劳动卫生与环境卫生学、药理学、病理学与病理生理学、基础医学、公共卫生与预防医学、临床医学、护理学、口腔医学、药学等。
“双一流”学科：公共卫生与预防医学
南京医科大学国家重点学科名单
| 序号 | 学科名称 |
| 1 | 内科学（心血管病） |
| 2 | 劳动卫生与环境卫生学 |
| 3 | 药理学 |
南京医科大学国家重点（培育）学科名单
| 序号 | 学科名称 |
| 1 | 病理学与病理生理学 |
江苏省一级学科国家重点学科培育建设点
| 序号 | 一级学科名称 |
| 1 | 基础医学 |
| 2 | 公共卫生与预防医学 |
江苏高校优势学科建设工程三期项目：公共卫生与预防医学、基础医学、临床医学、护理学、口腔医学、药学
“十三五”期间江苏省一级学科重点学科
| 序号 | 学科名称 | 学科带头人 |
| 1 | 药学 | 季勇 |
| 2 | 护理学 | 崔焱 |
“十三五”期间江苏省一级学科重点培育学科
| 序号 | 学科名称 |
| 1 | 生物学 |
| 2 | 生物医学工程 |
| 3 | 公共管理 |
十二五”期间江苏省重点学科
| 序号 | 学科名称 |
| 1 | 药学 |
| 2 | 护理学 |
| 3 | 特种医学 |
| “十三五”南京医科大学校级重点学科（优选学科）名单 | ||
| 序号 | 学科名称 | 所在单位 |
| 1 | 神经病学 | 附属南京医院 |
| 2 | 精神病与精神卫生学 | 附属脑科医院 |
| 3 | 妇产科学 | 附属妇产医院 |
| 4 | 肿瘤学 | 附属肿瘤医院 |
| 5 | 眼视光学 | 附属眼科医院 |
| 6 | 健康政策与管理 | 医政学院 |
| 7 | 思想政治教育 | 马克思主义学院 |
| “十三五”南京医科大学校级重点学科名单 | ||
| 序号 | 学科名称 | 所在单位 |
| 1 | 健康政策与管理 | 医政学院 |
| 2 | 思想政治教育 | 马克思主义学院 |
| 3 | 外国语言学及应用语言学 | 外国语学院 |
| 4 | 中医内科学 | 第一附属医院 |
| 5 | 特种医学 | 第一附属医院 |
| 6 | 儿科学 | 第二附属医院 |
| 7 | 内科学（肾脏病） | 附属逸夫医院 |
| 8 | 神经病学 | 附属南京医院 |
| 9 | 精神病与精神卫生学 | 附属脑科医院 |
| 10 | 儿科学（新生儿） | 附属儿童医院 |
| 11 | 妇产科学 | 附属妇产医院 |
| 12 | 肿瘤学 | 附属肿瘤医院 |
| 13 | 眼视光学 | 附属眼科医院 |
| 14 | 外科学（整形外科） | 附属友谊整形外科医院 |
| 15 | 外科学（泌尿外科） | 附属明基医院 |
| 16 | 内科学（心血管病） | 附属江宁医院 |
| 17 | 外科学（神经外科） | 附属无锡人民医院 |
| 18 | 外科学（泌尿外科） | 附属无锡第二医院 |
| 19 | 妇产科学 | 附属无锡妇幼保健院 |
| 20 | 康复医学与理疗学 | 附属无锡精神卫生中心 |
| 21 | 外科学（普外科） | 附属江苏盛泽医院 |
| 22 | 内科学（呼吸病学） | 附属常州二院 |
| 23 | 妇产科学 | 附属常州妇幼保健院 |
| 24 | 妇产科学 | 附属苏州医院 |
| 25 | 外科学（神经外科） | 附属淮安第一医院 |
| 26 | 儿科学 | 杭州市第一人民医院 |
| 27 | 急诊医学 | 上海松江临床医学院 |
| 学制 专业 |
| 五年制预防医学 |
| 五年制医学影像学 |
| 五年制眼视光医学 |
| 五年制临床医学（儿科学） |
| 五年制临床医学 |
| 五年制临床药学 |
| 五年制口腔医学 |
| 五年制精神医学 |
| 五年制基础医学 |
| 五年制法医学 |
| 四年制应用统计学（生物统计学） |
| 四年制英语 |
| 四年制医学影像技术 |
| 四年制医学信息工程 |
| 四年制医学检验技术 |
| 四年制药学 |
| 四年制眼视光学 |
| 四年制卫生检验与检疫 |
| 四年制生物医学工程 |
| 四年制生物信息学 |
| 四年制康复治疗学 |
| 四年制护理学 |
| 四年制公共管理类专业 |
| 临床医学（儿科学）（5+3医） |
| 口腔医学（5＋3医） |
南京医科大学（Nanjing Medical University）是首批教育部、国家卫生和计划生育委员会、江苏省共建高校和江苏高水平大学建设高校，是教育部“卓越医生教育培养计划”试点高校、国家建设高水平大学公派研究生项目实施高校、国家“特色重点学科项目”建设高校、中国政府奖学金来华留学生接收院校、江苏省高层次人才培养计划“333工程”培训基地，长三角医学教育联盟创始成员。
学校创建于1934年，时名江苏省立医政学院。1957年，由镇江迁至南京，更名为南京医学院。1962年，被列为全国首批六年制医药院校。1981年，被批准为全国首批博士、硕士学位授予单位。1993年，更名为南京医科大学。2015年9月，获准成为首批教育部、国家卫生计生委与省政府共建医学院校。