南京中医药大学比较好的专业有中医学、中药学、中西医临床医学、护理学、药学、康复治疗学、针灸推拿学、计算机科学与技术、中药资源与开发、公共事业管理等。
| 专业名称 | 招生科类 | 学制 |
| 中西医临床医学 | 文理兼招 | 5 |
| 中医学（农村订单定向医学生免费培养计划） | 文理兼招 | 5 |
| 中医学（本博连读） | 理科 | 9 |
| （中医拔尖创新人才培养模式改革9年制） | ||
| 中医学（本硕连读） | 文理兼招 | 8 |
| （中医拔尖创新人才培养模式改革5+3一体化） | ||
| 中医学 | 文理兼招 | 5 |
| 中医学（妇产科学） | 文理兼招 | 5 |
| 中医儿科学 | 文理兼招 | 5 |
| 眼视光学 | 文理兼招 | 4 |
| 针灸推拿学 | 文理兼招 | 5 |
| 中医养生学 | 文理兼招 | 5 |
| 中医康复学 | 文理兼招 | 5 |
| 康复治疗学 | 文理兼招 | 4 |
| 食品卫生与营养学 | 理科 | 4 |
| 临床医学 | 理科 | 5 |
| 生物技术 | 理科 | 4 |
| 中药学(本博连读) | 理科 | 4+5 |
| （中药学拔尖创新人才培养模式改革4+5一体化） | ||
| 中药学类 | 理科 | 4 |
| （中药学、中药制药、中药资源与开发） | ||
| 药学类（药学、药物制剂） | 理科 | 4 |
| 生物工程类(中外合作办学) | 理科 | 3+1 |
| (生物制药(分子生物学-药物研制)) | ||
| 食品科学与工程类(中外合作办学) | 理科 | 3+1 |
| (食品质量与安全) | ||
| 国际经济与贸易 | 文理兼招 | 4 |
| 市场营销 | 文理兼招 | 4 |
| 公共管理类 | 文理兼招 | 4 |
| （公共事业管理（卫生事业管理）、劳动与社会保障） | ||
| 信息管理与信息系统 | 理科 | 4 |
| 健康服务与管理 | 文理兼招 | 4 |
| 药事管理 | 理科 | 4 |
| 电子商务 | 文理兼招 | 4 |
| 公共管理类(中外合作办学) | 文理兼招 | 3+1 |
| 护理学 | 文理兼招 | 4 |
| 护理学（助产学） | 文理兼招 | 4 |
| 英语（只招英语考生） | 文科 | 4 |
| 计算机类 | 理科 | 4 |
| （计算机科学与技术、软件工程） | ||
| 医学信息工程 | 理科 | 4 |
| 应用心理学 | 文理兼招 | 4 |
南京中医药大学创建于1954年，是全国建校最早的高等中医药院校之一，是江苏省人民政府与国家中医药管理局共建高校,学校于2017年入围国家“双一流”建设高校和江苏高水平大学建设高校，2018年成为教育部和江苏省共建“双一流”建设高校。建校之初，学校即为新中国高等中医药教育培养输送了第一批师资，编撰、制订了第一套教材和教学大纲，为新中国高等中医药教育模式的确立和推广作出了开创性贡献，被誉为中国“高等中医教育的摇篮”。
学校坐落于钟灵毓秀、虎踞龙蟠的古都南京。形成了以中医药为主体、中西医结合、多学科支撑协调发展的办学格局。