内蒙古医科大学本科专业有64个：医学影像学、医学检验、口腔医学、中医学、针灸推拿学、蒙医学、法医学、药学、临床医学、护理学、麻醉学、中药学、预防医学、药物制剂、应用化工技术、化学制药技术、数控技术、生物技术、蒙药学、煤炭深加工与利用、信息管理与信息系统、临床医学与医学技术、应用心理学、煤质分析技术、石油化工生产技术、公共事业管理、护理学类（中外合作办学）、化工设备维修技术、电力系统自动化技术、护理学（蒙授理科）、电气自动化技术、妇幼保健医学、心理学类(中外合作办学)、市场营销、热能动力设备与应用、计算机应用技术、会计电算化、高分子材料应用技术、卫生检验、会计与审计、环境监测与评价、食品营养与检测、材料工程技术、物流管理、计算机控制技术、工业分析与检验、食品加工技术、旅游管理、临床药学、计算机网络技术、电子商务、英语、建筑装饰材料及检测、生产过程自动化技术、劳动与社会保障、中药资源与开发、广告设计与制作、电子信息工程技术、制药工程、精细化学品生产技术、工商管理类(中外合作办学)、机电一体化技术、建筑装饰工程技术、药学类(中外合作办学)。
内蒙古医科大学专科专业有5个：蒙医学、临床医学、医学检验技术、药物制剂技术、眼视光技术。
内蒙古医科大学其他专业有3个：生物科学类（中外合作办学）、药学类（中外合作办学）、工商管理类（中外合作办学）。