新疆农业大学本科专业有51个：农业水利工程、交通运输、交通工程、农业电气化与自动化、农业建筑环境与能源工程、农业机械化及其自动化、机械设计制造及其自动化、电气工程及其自动化、食品科学与工程、药学、包装工程、计算机科学与技术、土木工程、水利水电工程、设施农业与工程、动物科学、公共事业管理、数学与应用数学、森林资源保护与游憩、土地资源管理、环境科学、农业资源与环境、农林经济管理、动物医学、农学、生态学、工程管理、设施农业科学与工程、植物保护、法学、中国少数民族语言文学、种子科学与工程、应用化学、汉语言、草业科学、资源环境与城市规划管理、国际经济与贸易、园林、英语、电子信息科学与技术、经济学、地理信息系统、水产养殖学、中国语言文化、信息管理与信息系统、生物技术、市场营销、林学、人力资源管理、园艺、旅游管理。
新疆农业大学其他专业有8个：资源环境与城乡规划管理、物联网工程、水土保持与荒漠化防治、动物药学、房地产经营管理、会计学、水文与水资源工程、食品质量与安全。