农业机械化及其自动化专业的培养目标：培养适应社会主义市场经济体制和现代化建设需要的技术与管理相结合、具有较强的机械化生产系统的规划设计、企业经营管理和机械化及自动化控制装置的设计、制造、运用、评价及营销等方面能力，素质优良、适应能力强，具有创新精神的复合性、应用型高级工程技术人才。
下面例举三个开设有农业机械化及其自动化专业的院校培养目标
山西农业大学
本专业培养具备一定的数学、力学、电工电子、机械设计制造、自动控制等基础理论，熟悉一定的信息处理和分析、农业机械运用管理的基本知识和方法，掌握农业机械化及其自动化领域中的分析计算、工程设计方法和检测控制技术，具备农业机械设计、制造、运用管理及工程软件的应用能力，能在农业工程领域从事相关机械的设计制造、科技开发、农机运用管理等方面工作的高级工程技术人才。
沈阳农业大学
本专业培养德、智、体、美全面发展，具备农业机械及其装备的构造原理、性能设计、试验研究、使用管理及相关经济学、生物学、作物学知识，能在农业装备设计、生产与管理部门从事农业机械及相关装备性能设计、产品开发、农业机械化规划与管理、教学与科研、营销与服务等方面工作的复合应用型高级工程技术人才。
南京农业大学
培养适应未来科技进步，掌握农业机械化工程学科的相关原理和知识，具备农业机械及其自动化装备的构造原理、性能设计研究及使用管理等基础理论知识扎实、专业知识宽厚，具备良好职业素养、持续学习能力、创新精神和实践能力强的应用型、复合型人才。