南京医药类大学排名第一的是中国药科大学，排名第二的是南京中医药大学，排名第三的是南京医科大学，以下是相关信息，供大家参考。
| 序号 | 名称 | 主管 | 城市 | 公/民 | 985 | 211 | 双一流 |
| 1 | 中国药科大学 | 教育部 | 南京 | 公办 | 否 | 是 | 是 |
| 2 | 南京中医药大学 | 江苏省 | 南京 | 公办 | 否 | 否 | 是 |
| 3 | 南京医科大学 | 江苏省 | 南京 | 公办 | 否 | 否 | 是 |
中国药科大学
中国药科大学（China Pharmaceutical University）位于江苏省南京市，是中华人民共和国教育部直属的多科性重点大学，是国家“世界一流学科建设高校”、国家“211工程”和“985工程优势学科创新平台”建设高校，入选国家“111计划”、新工科研究与实践项目、中国政府奖学金来华留学生接收院校，是教育部“卓越工程师教育培养计划”的医药院校。
中国药科大学始建于1936年，原名国立药学专科学校（本科四年制）。1937年迁往汉口，1938年迁往重庆，1946年回迁南京。1950年更名为华东药学专科学校。1952年，齐鲁大学药学系和东吴大学药学专修科并入学校，成立华东药学院。1953年中南卫生专科学校药剂专修科并入学校。1956年更名为南京药学院。1986年与筹建中的南京中药学院合并，成立中国药科大学。1996年，成为国家“211工程”重点建设大学。2000年，学校由国家药品监督管理局整体划转教育部管理。2001年江苏省药科学校并入学校。
南京中医药大学
南京中医药大学始建于1954年，是中国建校最早的高等中医药院校之一，是教育部和江苏省共建的国家“双一流”世界一流学科建设高校，是江苏省人民政府与国家中医药管理局共建高校、江苏省重点建设高校、江苏省高水平大学建设高校，是世界一流中医药大学建设联盟、长三角医学教育联盟创始成员，是世界卫生组织（WHO）传统医学合作中心、国家卫生部确定的国际针灸培训中心、全国首批博士和硕士学位授权单位、全国古籍重点保护单位、全国中医师资进修教育基地、国家建设高水平大学公派研究生项目实施高校、国家“特色重点学科项目”建设高校、国家“卓越医生（中医）教育培养计划”改革首批试点高校、国家级人才培养模式创新实验区、中国政府奖学金来华留学生接收院校。
南京中医药大学不仅主持编写了第一套中医高等教育教材和教学大纲，也为新中国现代高等中医教育输送了第一批师资，培养并诞生了承淡安、叶橘泉等新中国中医药界最早的学部委员（院士），从这里走出了9位“国医大师”（占全国的三分之一）、5位中医药界院士（占全国的二分之一），被誉为“新中国高等中医教育的摇篮”。
南京医科大学
南京医科大学（Nanjing Medical University）是首批教育部、国家卫生和计划生育委员会、江苏省共建高校和江苏高水平大学建设高校，是教育部“卓越医生教育培养计划”试点高校、国家建设高水平大学公派研究生项目实施高校、国家“特色重点学科项目”建设高校、中国政府奖学金来华留学生接收院校、江苏省高层次人才培养计划“333工程”培训基地，长三角医学教育联盟创始成员。
学校创建于1934年，时名江苏省立医政学院。1957年，由镇江迁至南京，更名为南京医学院。1962年，被列为全国首批六年制医药院校。1981年，被批准为全国首批博士、硕士学位授予单位。1993年，更名为南京医科大学。2015年9月，获准成为首批教育部、国家卫生计生委与省政府共建医学院校。