福州医药类大学排名第一的是福建医科大学，排名第二的是福建中医药大学，以下是相关信息，供大家参考。
| 序号 | 名称 | 主管 | 城市 | 公/民 |
| 1 | 福建医科大学 | 福建省 | 福州 | 公办 |
| 2 | 福建中医药大学 | 福建省 | 福州 | 公办 |
福建医科大学
福建医科大学（Fujian Medical University ），简称福医大，位于福建福州市，是福建省一流大学和一流学科建设高校、福建省重点建设高校、教育部“卓越医生教育培养计划”项目试点高校、中国政府奖学金来华留学生接收院校、国家级大学生创新创业训练计划项目实施高校，是福建省卫生人才培养中心、医学科学研究中心和医疗卫生服务中心。
福建医科大学前身是1937年创办的福建省立医学专科学校，1939年改名为福建省立医学院，1949年改称福建医学院，1969年与福建中医学院、华侨大学医疗系合并，成立福建医科大学。1982年更名为福建医学院，1996年4月更名为福建医科大学。2003年，被福建省人民政府确定为重点建设高校，同年以良好的成绩通过了教育部本科教学工作水平评估。
福建中医药大学
福建中医药大学（Fujian University of Traditional Chinese Medicine），坐落于福建省福州市，是福建省一流大学和一流学科建设高校、福建省重点建设高校、国家“卓越医生（中医）教育培养计划”改革试点高校、教育部本科教学工作水平评估优秀学校、国家级大学生创新创业训练计划项目实施学校。学校是中国内地第一所招收台湾学生的中医药院校。
福建中医药大学创建于1958年8月，原名福建中医学院，是中国创办较早的高等中医药院校之一，2010年3月经教育部批准更名为福建中医药大学。