北京协和医学院比较好的专业有生物学、生物医学工程、临床医学、公共卫生与预防医学、药学、免疫学、病理学与病理生理学、皮肤病与性病学、影像医学与核医学、妇产科学等。
第二轮“双一流”建设学科：生物学、生物医学工程、临床医学、公共卫生与预防医学、药学
一级学科国家重点学科：生物学、药学
二级学科国家重点学科：免疫学、病理学与病理生理学、皮肤病与性病学、影像医学与核医学、妇产科学、肿瘤学、麻醉学、内科学
三级学科国家重点学科：外科学（胸心外）、外科学（骨外）
国家重点（培育）学科：外科学（普外）
国家中医药管理局重点学科：药用植物学
一级学科北京市重点学科：基础医学、临床医学、护理学、生物医学工程
二级学科北京市重点学科：神经病学、眼科学、流行病与卫生统计学
交叉学科北京市重点学科：转化医学
三级学科北京市重点学科：外科学（普外）
北京市高精尖学科：群医学
2、北京协和医学院学科评估结果排名（第四轮）
以下是北京协和医学院第四轮学科评估结果排名情况，由于第五轮还未公布，这也是最新评估结果。
| 序号 | 学校代码 | 学校名称 | 一级学科代码 | 一级学科名称 | 评选结果 |
| 1 | 10023 | 北京协和医学院 | 1001 | 基础医学 | A+ |
| 2 | 10023 | 北京协和医学院 | 1007 | 药学 | A+ |
| 3 | 10023 | 北京协和医学院 | 1002 | 临床医学 | A |
| 4 | 10023 | 北京协和医学院 | 1011 | 护理学 | A- |
| 5 | 10023 | 北京协和医学院 | 1004 | 公共卫生与预防医学 | B |
| 6 | 10023 | 北京协和医学院 | 1008 | 中药学 | B- |
| 7 | 10023 | 北京协和医学院 | 1006 | 中西医结合 | C+ |
| 8 | 10023 | 北京协和医学院 | 1205 | 图书情报与档案管理 | C |
| 9 | 10023 | 北京协和医学院 | 1204 | 公共管理 | C- |
根据北京协和医学院2022年招生章程：本科招生有临床医学（八年制）专业和护理学专业。
北京协和医学院临床医学（八年制）专业的招生计划纳入清华大学的总招生计划之中，由两校共同完成招生录取工作。凡志愿报考协和临床医学（八年制）专业的考生，在填报志愿时应填报清华大学临床医学专业，并可同时填报清华大学其它理工类专业。临床医学（八年制）专业没有男、女生比例要求，招收理科高中毕业生。
护理本科的录取工作由北京协和医学院完成。学生在思想政治品德考核和身体健康状况检查合格,统考成绩达到各省、市、自治区同批录取控制线的情况下，按招生计划的100%调阅学生档案。对符合提档要求的学生采取从高分到低分的顺序录取。我校承认教育部加分。在高考实际成绩总分相当的情况下，优先录取政策上同等优先的学生。护理专业没有男、女生比例要求。
三、北京协和医学院简介北京协和医学院（Peking Union Medical College），位于北京市，是国家卫生健康委员会直属、与中国医学科学院实行院校合一管理体制的全国重点大学，国家“双一流”建设高校，入选卓越医生教育培养计划。
学校前身是美英基督教教会于1906年共同创办的协和医学堂。1912年，改称协和医学校。1917年，成立北京协和医学院。1919年，改名北京协和医科大学。1929年，更名私立北平协和医学院。1951年1月，学校由中央人民政府教育部和卫生部接管，且改名为中国协和医学院。历经传承与发展，学校先后更名为中国医科大学、中国首都医科大学和中国协和医科大学。2006年定名北京协和医学院。