新疆医科大学总共有26个专业。
新疆医科大学本科专业有25个：医学技术、预防医学、医学实验学、医学影像学、中医学、护理学、卫生检验、药学、中药资源与开发、法医学、维医学、麻醉学、基础医学、中西医临床医学、针炙推拿学、中药学、妇幼保健医学、医学检验、临床医学（7年制）、口腔医学、临床医学（5年制）、生物医学工程、信息管理与信息系统、公共事业管理、英语。
新疆医科大学其他专业有1个：针灸推拿学。
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