南京大学商学院电子商务系于2001年成立，并设有电子商务实验室。全系现有教师9名，其中教授3名，副教授3名，讲师助教4名;现有电子商务专业本科生166人，电子商务方向硕士研究生24人。
该系主要培养熟悉计算机和网络应用技术，具有扎实的经济管理与现代商务的理论基础，掌握电子商务原理与技术、管理营销和电子商务法律等知识，能够从事现代商务管理、电子商务开发、应用与管理的高级复合型人才。
3年来，该系始终把培养创新型电子商务应用人才作为根本目标，依托于南京大学商学院师资力量雄厚的综合优势，转变传统办学指导思想和人才培养模式，构筑以实验教学体系、理论课程体系和实践教学体系为一体的电子商务人才培养教学体系，并在教学内容、和教学方法与手段等方面进行了全方位、大力度的创造性改革，以促进教学质量的提高;同时，充分发挥专业实验室在创新型人才培养中作用，将实验室转变成为学生可以展示自身特长与能力的开放式平台。
经过3年多的运作，电子商务系在创新型应用人才培养和实验室建设方面取得显著的成效，截至2004年10月，该系学生获全国数学建模大赛全国奖17人次，省奖7人次，并在其他的活动中，诸如社团活动、论文竞赛、科研工作等方面也取得非常优秀的成绩。