医学信息工程专业就业前景主要是在医疗类企业从事信息系统的设计开发、技术支持、病案信息管理、药品库存管理、设备操作、设备管理、设备销售、设备维护、设备评测工作。
可到医疗卫生部门、医疗器械设计与生产部门及其他企事业单位从事各类信息系统和计算机软件系统的应用、设计、开发、维护和评测等工作;可在医药研究机构、医药高等院校从事科学研究和教学工作。还可以在政府医药卫生部门，各级各类医疗机构、社会医药相关事业机构、医药软件开发企业、研究机构、医药企业等部门求职。
毕业生主要面向电子信息和医学信息类的科研院所、医药卫生单位、生物医学电子信息企业等，从事科研、开发、应用设计制造及设备管理和销售等方面工作，亦可从事生物医学信息工程、医学仪器设备研发的高新技术企业，以及其它电子、计算机、信息、生物等领域的高新技术企业、高等院校、科研单位、商检等部门。
医学信息工程专业就业必备能力1.掌握计算机科学与技术和医药学的基本知识;
2.掌握现代管理学理论基础和信息科学基础知识与基本技能;
3.具备利用信息技术进行医药科学研究的基础能力;
4.了解本学科的发展动态;
5.具有分析和解决实际问题等方面的基本能力。