原应用生物技术系更名而来，始建于上世纪五十年代的乐山农业学校（眉山农业学校），由学院省部级优势专业农学、园林、畜牧、兽医专业合并组建，是学院重点建设系之一。建系至今，先后培生物工程系养了一万多名农业、林业、畜牧专业技术人才。生物工程系下设生物技术及应用、园林工程、畜牧兽医3个教研室，辖生物技术及应用、动物营养与饲料加工、园林工程技术、畜牧兽医、种子生产与经营、水产养殖技术、植物保护七大专业。生物工程系师资力量雄厚，拥有一支双师型、学术型教师队伍。全系有专业教师28人。其中副教授14名，讲师7名，实验师5人。他们中有硕士研究生9名，在读博士1名，市级拔尖人才1名，眉山市科技专家团成员8名，双师型教师8名。
