内蒙古共有13所二本批次招生的大学参与了内蒙古二本大学排名理科，其中排名第一的是内蒙古医科大学，排名第二的是内蒙古工业大学，排名第三的是内蒙古科技大学。
以下是内蒙古二本大学排名理科具体榜单，根据历年理科二本录取平均分排名理科，包含部分专业在一本招生的二本大学。
| 2018内蒙古二本大学排名理科 | 学校名称 | 所在地 | 录取批次 | 平均分 |
| 1 | 内蒙古医科大学 | 内蒙古 | 本科二批 | 444 |
| 2 | 内蒙古工业大学 | 内蒙古 | 本科二批 | 443 |
| 3 | 内蒙古科技大学 | 内蒙古 | 本科二批 | 436 |
| 4 | 内蒙古农业大学 | 内蒙古 | 本科二批 | 422 |
| 5 | 内蒙古师范大学 | 内蒙古 | 本科二批 | 408 |
| 6 | 赤峰学院 | 内蒙古 | 本科二批 | 396 |
| 7 | 集宁师范学院 | 内蒙古 | 本科二批 | 396 |
| 8 | 内蒙古民族大学 | 内蒙古 | 本科二批 | 395 |
| 9 | 呼伦贝尔学院 | 内蒙古 | 本科二批 | 383 |
| 10 | 河套学院 | 内蒙古 | 本科二批 | 380 |
| 11 | 鄂尔多斯应用技术学院 | 内蒙古 | 本科二批 | 365 |
| 12 | 内蒙古师范大学鸿德学院 | 内蒙古 | 本科二批 | 363 |
| 13 | 内蒙古大学创业学院 | 内蒙古 | 本科二批 | 362 |