云南省共有22所二本批次招生的大学参与了云南二本大学排名理科，其中排名第一的是昆明医科大学，排名第二的是云南大学，排名第三的是云南中医学院。
以下是云南二本大学排名理科具体榜单，根据历年理科二本录取平均分排名，包含部分专业在二本招生的一本大学。
| 2018云南二本大学排名理科 | 学校名称 | 所在地 | 录取批次 | 平均分 |
| 1 | 昆明医科大学 | 云南 | 本科二批 | 522 |
| 2 | 云南大学211 | 云南 | 本科二批 | 520 |
| 3 | 云南中医学院 | 云南 | 本科二批 | 507 |
| 4 | 云南警官学院 | 云南 | 本科二批 | 495 |
| 5 | 西南林业大学 | 云南 | 本科二批 | 490 |
| 6 | 云南师范大学 | 云南 | 本科二批 | 489 |
| 7 | 大理大学 | 云南 | 本科二批 | 487 |
| 8 | 云南农业大学 | 云南 | 本科二批 | 485 |
| 9 | 云南财经大学 | 云南 | 本科二批 | 485 |
| 10 | 曲靖师范学院 | 云南 | 本科二批 | 476 |
| 11 | 昆明学院 | 云南 | 本科二批 | 476 |
| 12 | 云南民族大学 | 云南 | 本科二批 | 473 |
| 13 | 云南工商学院 | 云南 | 本科二批 | 469 |
| 14 | 玉溪师范学院 | 云南 | 本科二批 | 467 |
| 15 | 红河学院 | 云南 | 本科二批 | 458 |
| 16 | 云南艺术学院 | 云南 | 本科二批 | 457 |
| 17 | 楚雄师范学院 | 云南 | 本科二批 | 456 |
| 18 | 昭通学院 | 云南 | 本科二批 | 454 |
| 19 | 普洱学院 | 云南 | 本科二批 | 451 |
| 20 | 文山学院 | 云南 | 本科二批 | 450 |
| 21 | 滇西科技师范学院 | 云南 | 本科二批 | 449 |
| 22 | 保山学院 | 云南 | 本科二批 | 449 |