云南省共有22所二本批次招生的大学参与了云南二本大学排名，其中排名第一的是云南民族大学，排名第二的是云南师范大学，排名第三的是昆明医科大学，排名前10的二本大学还有云南中医学院、昆明理工大学、西南林业大学、云南财经大学、云南农业大学、云南警官学院、大理大学。
以下是云南二本大学排名2016具体榜单，根据理科二本录取平均分排名，包含部分专业在二本招生的一本大学。
| 云南二本大学排名 | 学校名称 | 所在地 | 录取批次 | 录取线差 | 省市分数线 | 录取平均分 |
| 1 | 云南民族大学 | 云南 | 本科一批 | 0 | 500(第一批) | 500 |
| 2 | 云南师范大学 | 云南 | 本科一批 | 0 | 500(第一批) | 500 |
| 3 | 昆明医科大学 | 云南 | 本科二批 | 73 | 425(第二批) | 498 |
| 4 | 云南中医学院 | 云南 | 本科二批 | 53 | 425(第二批) | 478 |
| 5 | 昆明理工大学 | 云南 | 本科二批 | 45 | 425(第二批) | 470 |
| 6 | 西南林业大学 | 云南 | 本科二批 | 39 | 425(第二批) | 464 |
| 7 | 云南财经大学 | 云南 | 本科二批 | 39 | 425(第二批) | 464 |
| 8 | 云南农业大学 | 云南 | 本科二批 | 36 | 425(第二批) | 461 |
| 9 | 云南警官学院 | 云南 | 本科二批 | 34 | 425(第二批) | 459 |
| 10 | 大理大学 | 云南 | 本科二批 | 33 | 425(第二批) | 458 |
| 11 | 云南师范大学 | 云南 | 本科二批 | 30 | 425(第二批) | 455 |
| 12 | 昆明学院 | 云南 | 本科二批 | 24 | 425(第二批) | 449 |
| 13 | 云南工商学院 | 云南 | 本科二批 | 19 | 425(第二批) | 444 |
| 14 | 曲靖师范学院 | 云南 | 本科二批 | 17 | 425(第二批) | 442 |
| 15 | 云南民族大学 | 云南 | 本科二批 | 17 | 425(第二批) | 442 |
| 16 | 玉溪师范学院 | 云南 | 本科二批 | 11 | 425(第二批) | 436 |
| 17 | 红河学院 | 云南 | 本科二批 | 6 | 425(第二批) | 431 |
| 18 | 云南艺术学院 | 云南 | 本科二批 | 6 | 425(第二批) | 431 |
| 19 | 保山学院 | 云南 | 本科二批 | 2 | 425(第二批) | 427 |
| 20 | 昭通学院 | 云南 | 本科二批 | 2 | 425(第二批) | 427 |
| 21 | 楚雄师范学院 | 云南 | 本科二批 | 1 | 425(第二批) | 426 |
| 22 | 文山学院 | 云南 | 本科二批 | 1 | 425(第二批) | 426 |