有以下的区别
1.在我国现阶段，本三学院就是民办大学或独立学院，录取分数比二本低很多，同时学费是二本院校学费的好几倍，因为国家不对本三学院拨款。换句话说，本三学院就是花钱买文凭。
2.社会舆论仍然对本三学院有偏见，学生就业时，用人单位对本三学院的学生存在一定程度的歧视。有时候，虽然不在明面上，但是会存在各个环节。
3.不得不承认，在生源素质、学习氛围等方面，本三学院学生与本二的差距不小，本三学院学风普遍不正，吃喝玩乐的多，好好学习的少。
4.在升学（考研究生）方面，国家教育部明确规定，各招生单位必须一视同仁，在这个角度讲，本三、本二、本一无区别！
并不一定代表学校的优劣
本一、本二、本三或者一本、二本、三本，只代表本科高校招生录取的先后顺序，并不一定代表学校的优劣；非常一般的院校，如果协调申请也可以本一录取，变身一本学校；好大学如果缺乏必要的沟通协调，也会被放在本二录取。大多数省区市属高校在本省区市都是本一录取，而到了外省区市却被放在了本二录取，就是这个原因。
因为高校招生分批次录取伤害到了某些人、某些学校的玻璃心，纷纷提出异义要求平等，于是，现在很多省区市都将本三招生的学校合并到本二录取；广东等省区市甚至直接取消录取批次，本一、本二、本三全都为本科批次。
本三学费比本二贵很多
本二本三从毕业证书上面没有什么区别，都是本科，毕业证书上也没有注明本二本三，只是对学生上学来说最直观的就是本三学费比本二贵很多，本三一般都是民办院校，本二是公办院校，2017年开始安徽省已经将二本三本合并为第二批本科录取。
小编总结
（1）本三院校大部分都是民办院校，好多都是一些独立院校，比如青岛理工大学琴岛学院等等这样的学校，而本二院校大部分都是公办的，当然也不排除有一些是民办院校，比如滨州学院等等这样以学院命名的基本上都是二本院校，当然不是全部的，好多医学院是本一院校！
（2）师资力量有区别，不用多说，本二的师资肯定要优于本三院校，本二的高层次人才要多于本三院校！
（3）学费不同，本二院校学费很低，大部分专业学费都在几千块钱左右，而本三院校学费很贵，基本上都在一万以上，甚至更多！
（4）录取分数有区别，本二院校的录取分数要明显高于本三院校，学生的质量要比本三院校高很多，本三院校好多学生都是刚过本科线，分数偏低一些！