福建自主招生院校一共有2所，即厦门大学、福州大学(本省)。自主招生有两个录取原则，一是预选上考生第一志愿必须报该试点院校，且高考成绩须达到该校规定的水平(如该校在当地投档线以下20分以内)方予以录取;二是被预选的学生如果第一志愿未报该校或者高考成绩未达到该校规定的要求，则参加正常的渠道和程序录取。
厦门大学自主招生申请条件
符合高考报名条件，具有学科特长和创新潜质，品行端正，身心健康的优秀高中毕业生。具备以下条件之一的可以申请：
1.高中阶段在全国中学生(数学、物理、化学、生物学、信息学)奥林匹克竞赛全国决赛中获得一、二等奖的学生;
2.高中阶段在全国中学生(数学、物理、化学、生物学、信息学)奥林匹克竞赛全国决赛中获得三等奖或省赛区一等奖的学生;
3.高中阶段在全国青少年科技创新大赛(含全国青少年生物和环境科学实践活动)、“明天小小科学家”奖励活动、中小学电脑制作活动获得一、二等奖的学生;
4.高中阶段参加国际科学与工程大奖赛、国际环境科研项目奥林匹克竞赛获奖者;
5.高中阶段获全国新概念作文大赛决赛一等奖者或全国创新英语作文大赛一等奖者;
6.高中阶段获数学、物理、化学、生物学、信息学等五大学科奥林匹克竞赛省级赛区一个二等奖或两个以上不同学科省级赛区三等奖以上(含三等奖)的高中毕业生。
注：我校自主选拔资格分A、B、C三类。考生符合申请条件1的考生可以申请A类;符合申请条件2、3、4、5的考生可以申请B类;符合申请条件6的考生可以申请C类。
福州大学自主招生专业与条件
（一）招生规模与专业
按照教育部《关于福州大学开展自主选拔录取改革试点的复函》(教学司函〔2012〕14号)的规定，我校自主招生规模控制在我校年度本科招生计划总数的2%以内。招生专业如下：
数学类、计算机类、软件工程、应用物理学、电子信息类、化学、化学工程与工艺、生物工程、生物技术、食品科学与工程、电气工程及其自动化、建筑学、土木工程(以上专业仅招收理工类考生);法学、工商管理、会计学、财政学、金融学、应用心理学、汉语言文学(以上专业文理兼收)。考生可根据特长选择1-3个专业志愿，且须与高考志愿一致。
（二）招生对象与条件
凡具有较强创新精神和一定的实践能力，善于独立思考，思想品德优秀，身心健康并具备下列条件之一的福建省普通高中毕业生均可报名：
1.学科竞赛获奖：高中阶段参加全国中学生数学、物理、化学、生物学、信息学奥林匹克学科竞赛获得省级赛区三等奖及以上者。
2.创新实践活动获奖：高中阶段参加全国青少年科技创新大赛、“明天小小科学家”奖励活动、全国中小学电脑制作活动科技竞赛获得全国三等奖及以上者。
3.高中阶段获全国新概念作文大赛二等奖及以上或全国创新作文大赛二等奖及以上者。
“模拟投档线”取代“录取线”
一个值得注意的变化是，往年获得高校自主招生资格的学生，多能享受该校在考生所在省份录取线降分录取的优惠政策。但在北大、清华自主招生简章中，录取线被替换成了“模拟投档线”。
所谓“模拟投档线”即由生源地省级招办按照本科一批招生所有高校在该省(区、市)最终确定的投档比例测算生成。对于该变化，北京林业大学招办负责人介绍，因为今年自主招生录取将单列批次，在本科一批录取之前完成录取。也就是说，自主招生录取时，各省市的本科一批次尚未投档，自然没有一本线可以参考，“学校会在一批次录取前进行三次模拟投档，确定的就是模拟投档线，用作今年自主招生的录取参考。”
“如果正式一批录取时学校分数线有所上涨，考生也不会受到影响。”该招办负责人举例说，如果学校模拟投档线为600分，考生获得降分20分的资格，即580分就可被录取，如果正式投档后学校录取线上涨为610分，已录取的自主考生将不会受到影响。