云南省共有16所二本大学参与了云南二本大学排名，其中排名第一的是云南民族大学，排名第二的是云南农业大学，排名第三的是云南财经大学，排名前10的二本大学还有昆明医科大学、西南林业大学、云南中医学院、大理学院、楚雄师范学院、玉溪师范学院、曲靖师范学院，以下是云南二本大学排名2016具体榜单：
| 云南二本大学排名 | 全国排名 | 学校名称 | 学校类型 |
| 1 | 227 | 云南民族大学 | 民族 |
| 2 | 255 | 云南农业大学 | 农林 |
| 3 | 281 | 云南财经大学 | 财经 |
| 4 | 297 | 昆明医科大学 | 医药 |
| 5 | 383 | 西南林业大学 | 农林 |
| 6 | 418 | 云南中医学院 | 医药 |
| 7 | 466 | 大理学院 | 综合 |
| 8 | 489 | 楚雄师范学院 | 师范 |
| 9 | 506 | 玉溪师范学院 | 师范 |
| 10 | 572 | 曲靖师范学院 | 师范 |
| 11 | 625 | 红河学院 | 综合 |
| 12 | 667 | 文山学院 | 师范 |
| 13 | 684 | 普洱学院 | 师范 |
| 14 | 695 | 保山学院 | 综合 |
| 15 | 698 | 昆明学院 | 综合 |
| 16 | 702 | 昭通学院 | 师范 |