牡丹江重点高中有海林市高级中学、穆棱市第一中学、牡丹江市第二高级中学、柴河林业局第一中学、牡丹江市朝鲜族中学、黑龙江省海林林业局第一中学等。
穆棱市第一中学
穆棱市第一中学始建于1949年，原名松江省立第十初级中学。1956年更名为穆棱县中学，1984年由完全中学发展为市级重点独立高中。1995年设立县级市后定名为：穆棱市第一中学。穆棱市第一中学是一所全日制公办独立高中，是黑龙江省省级示范高中。
牡丹江市第二高级中学
牡丹江市第二高级中学1952年建校，1962年成为市重点中学，1993年成为黑龙江省重点中学，2000年成为黑龙江省首批示范性普通高中。学校占地面积近5万平方米，教学楼面积2万8千多平方米，拥有先进的理化生实验室、多媒体教室、语音室、计算机中心等教学设施。
牡丹江市朝鲜族中学
牡丹江市朝鲜族中学始健于1945年9月，是黑龙江省省朝鲜族中学中建校最早，规模最大的民族中学。1956年被确立为省级重点中学（全省唯一的民族中学）。1986年重新被黑龙江省教育厅命名为省级重点中学，是省级重点中学中唯一的一所申报省级示范性高中的民族中学。1992年以优异的成绩通过省重点中学等级检查验收，并升格为正处（县）级单位。