重庆市医药科技学校前身系成立于1964年由中国医药工业公司(托拉斯)主管的"重庆医药工业半工半读中等专业学校"，"文化大革命"期间停办。1979年经四川省重庆市革命委员会(市革发[1979]28号文)批准恢复办学，定名为"重庆市医药技工学校"。1985年2月经重庆市人民政府(重府函[1985]21号文)批准，在重庆市医药技工学校的基础上，设立成人中专学校，定名为"重庆制药职工中等专业学校"。2000年1月经重庆市教育委员会(渝教函[2000]11号文)批准更名为"重庆市医药科技学校"，专门从事医药专业大、中专学历教育及医药专业技术培训。同年，学校划归重庆市食品药品监督管理局管理，2006年4月经重庆市机构编制委员会批准(渝编[2006]22号文)纳入市属事业单位管理，并加挂重庆市食品药品监督管理局教育培训中心的牌子，为重庆市食品药品监督管理局直属的处级事业单位，核定事业编制29名，经费渠道为财政全额拨款。
重庆市医药科技学校暨重庆市食品药品监督管理局教育培训中心是经重庆市人民政府批准成立，由重庆市食品药品监督管理局主管，专门从事食品医药专业职业教育培训的资深学校，担负着为食品医药产业培养中、高级技能人才、组织全市食品药品监督管理系统干部培训和食品医药专业技术培训的重任。
改革开放以来，学校在上级部门的关怀下，办学规模、办学条件、教学层次和教学形式等方面均得到了长足发展，以重庆市医药科技学校为主体，先后成立了"重庆广播电视大学食品医药学院"、"沈阳药科大学继续教育学院重庆函授教学点"。从单一的技工教育，到技工、中专、大专、本科学历教育全面发展;从单纯的学历教育，到学历教育、干部培训、社会培训工作全面开展;从简单的传统教学方式，到多媒体教学、远程教学手段的运用，学校已经成为重庆市食品医药专业职业教育的重要力量、重庆市食品药品监管系统干部培训和食品药品从业人员培训的主要机构。建校近50年来，为重庆市内外培养输送了2万余名大专、中专和技校毕业生，另有5万余人参加了学校组织的干部培训和专业技术培训学习。
学校坚持依法办学，以德治校的办学思想，提倡"德育为首，成人为先"的育人理念，注重培养学生"学会做人、学会做事、学会相处、学会求知"的适应社会、发展自我的能力。积极进行教育改革探索，努力寻求适应新时期职业教育和干部培训的科学方法。
学校坚持"以就业为导向、以能力为本位"的素质教育理念，既重视学生素质的全面提高，又注重学生个性特长的发展;坚持专业知识学习与实用技能培训相结合，利用学校的图书室、微机室、多媒体教室、实验室、实训室及合作企业的生产、经营场地，全方位、多渠道满足学生专业技能学习、训练的需求，毕业生就业率达100%，深受用人单位和社会各界的好评。