财政部、国家发改委发出通知，决定自2009年1月1日起，在全国取消和停止征收100项行政事业性收费。目前公布取消的行政事业性收费项目有92项、停征的有8项。
在这92项中，发展改革部门有３项：农业化学物质产品行政保护费、收费许可证工本费和煤炭生产许可证工本费。其中，农业化学物质产品行政保护费已随职能调整划入工业和信息化部。
教育部门有10项收费，义务教育杂费（已于2008年9月1日起停止征收），义务教育借读费，公派出国留学人员学位及文凭认证费，公派出国留学人员报名费和评审费，学位与研究生教育评估费，学位证书工本费，高等学历文凭工本费，外语、计算机等级考试证书工本费，国家普通话水平等级证书工本费以及高校保送生综合能力考试考务费。
公安部门有3项收费：（1）边防检查证件工本费（登陆证、船员住宿证、登轮证、停留许可证、搭靠外轮许可证、机动车辆出入境查验卡）；（2）暂住证（卡）工本费；（3）特种行业许可证工本费。
民政部门有社会团体登记费和民办非企业单位登记费和变更登记费3项收费。
司法部门有法律职业资格证书工本费1项收费。
财政部门有3项收费，即会计从业资格证书工本费、珠算证书工本费和注册会计师全科合格证工本费。
人力资源社会保障部门有9项收费：（1）职称外语等级考试合格证书工本费；（2）专业技术人员职业资格证书工本费；（3）专业技术人员计算机能力考试合格证书工本费；（4）劳动合同鉴证费；（5）劳动争议仲裁费；（6）职业资格证书工本费；（7）外国人就业证工本费；（8）台港澳人员就业证工本费；（9）人才流动中心收取的协调调出调入争议费。
住房城乡建设部门有6项收费，城市房屋拆迁管理费、工程定额测定费、建设工程质量监督费（含工业、交通、民用、市政公用等工程和建筑构件）、注册土木工程师（岩土）注册证书工本费、注册土木工程师执业印章工本费和人力资源开发中心收取的协调调入调出争议费。
铁道部门有会计从业资格证书工本费和铁路工程质量监督费2项收费。
交通运输部门有海员证（含加急）工本费、船员适任证书（含海船及内河船舶）工本费、船员专业培训合格证书工本费、船员特殊培训合格证书工本费、海员服务簿工本费和航海专业培养费6项收费。
工业和信息化部门有电信设备进网许可证工本费1项收费。水利部门有水利建设工程质量监督费1项收费。
工商行政管理部门有广告经营单位注册登记费和经济合同示范文本工本费2项。
农业部门包括了畜禽及畜禽产品防疫费（不含检疫费）、新饲料添加剂审批费等7项收费。
商务部门有5项收费，卫生部门有9项收费，科技部门1项，中直管理局1项，中编办1项，海关部门2项，民航部门1项，新闻出版部门3项，安全监督管理部门1项，食品药品监督管理部门有3项，旅游部门１项。
92项中还包括国管局、国务院南水北调办、保监会、证监会、国家外国专家局、水利部门、农业部门、林业部门、食品药品监督管理部门等一些收费项目。