五年制高职学院是云南工程职业学院针对初中起点五年一贯制高职学生专设的二级学院，承担着学生基础阶段的教育与管理工作。毕业后颁发国家承认全日制普通高等院校大专文凭。现开设工程造价、建设工程监理、工程测量技术、水利水电建筑工程、机电一体化技术、建筑工程技术、电气自动化技术、汽车检测与维修技术、汽车营销与服务、电子商务、计算机网络技术、会计、建筑室内设计、学前教育、建筑经济管理、汽车运用与维修技术16个专业。
五年制高职学院具有多年举办五年制大专的教学、管理经验，根据当今初中毕业生的特点，学院本着“以就业为目标、以学生为主体、以教师为主导、以训练为主线、以应用为主旨”的教育、教学理念。利用学院优质的教学资源，采用适应五年制高职学院特点的人才培养方案进行教学，培养适应当今社会需求的高职人才。
学院本着“一切为了学生、为了学生的一切”的服务理念，采取多种途径加强学生综合素质能力的培养，首创“全民礼仪”。学院与时俱进，改革创新，用全新的教育、教学理念，通过思想教育，心理教育，安全教育，名师讲座等模块对学生进行人生观、价值观、道德观、法制观的教育和培养。将学生的专业实训，实践活动贯穿于教育、教学的全过程，使莘莘学子全面发展成为“学有所长、学有所用、学有所得”；“识好歹、知进退、懂感恩、守本分、有专才”的专业应用型人才。
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