1、杀虫
对桑螵蛸、露蜂房等动物药保存前要蒸熟，避免虫卵孵化；同时可用化学药物熏杀害虫，通常保存少量的药材时可将硫磺点燃生成二氧化硫熏蒸，保存大量的药材时可喷洒氯化苦熏蒸。
2、分类
根据药材特点分类保管，如刺猬皮、瓜萎等肉质、甜香的药材易生虫，应放在熏库;远志、半夏等易霉变，应注意通风、日晒。另外，剧毒药材更应贴上醒目的标签，专人保管，防止误用中毒。
3、密封
种子类药材（白扁豆、麦芽、薏苡仁等），密封保存可防止老鼠撕咬；容易风化（芒硝等）和挥发（冰片等）的药材，密闭保存可避免有效成分丢失。密封时，将药品放在干净的玻璃瓶中后，盖严瓶盖，用蜡转圈滴在瓶口处封严就行了。另外，陶瓷罐、真空袋也是不错的密封容器。
4、避光
像花叶类那种在光照时容易起变化的药材，应贮藏在暗处及陶瓷容器、有色玻璃瓶中，避免阳光直接照射。
5、合藏
将花椒与有腥味的动物类药材（鹿茸、地龙等）一起存放，可防止动物类药材虫蛀变质；将泽泻与丹皮放在一处，泽泻不易虫蛀，丹皮不易变质。
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