化学研究的对象是各种各样的物质，浩瀚的宇宙和地球上人类肉眼能见到的和不能直接观察到的以原子或分子形态存在的物质，都是我们要了解和研究的对象，化学是在原子、分子层次上研究物质的组成、结构、性质、变化规律及其应用的自然科学。物质是人类赖以生存的基础，人类进步的物质基础是天然的和人造的各种化学物质，因此化学是人类认识、利用和改造物质世界的主要方法和手段，21世纪化学已被公认为是一门中心科学。
医学是研究人类与疾病斗争的科学，它研究人体中生理、心理和病理现象的规律，从而寻求预防、诊断和治疗疾病的有效方法，以保证人类健康。化学是医学的基础，两者之间有着密切的关系 .
人和自然具有相同的化学元素组成。人体是一个复杂的化学反应系统，每时每刻都在进行着各种形式的化学反应，只不过这些反应比体外反应更复杂、更有效、更精确。
济宁医学院下属的药学院创设于2001年， 设有5个教研室、1个实验教学中心和1个学院重点实验室——分子医药学研究室。
药学实验教学中心总面积8000m，其中实验室24个，科研室10个，仪器室11个，技术室9个；拥有高效液相色谱仪、红外光谱仪、气相色谱仪、薄层扫描仪、荧光分光光度计、原子吸收分光光度计等先进的仪器设备，总价值900余万元。拥有校内外后期实践教学基地18处，完全能满足该专业后期实践教学需要。
学院师资力量雄厚，现有教职工57名，其中教授8人，副教授9人，讲师23人；博士学位6人，硕士学位23人；拥有“国务院特殊津贴享受者”1人，“全国优秀教师”1人,“山东省教学名师”1人；山东省高校中青年学术骨干和学科带头人1人；院级专业技术拔尖人才2人；市级优秀青年科技人才1人。
近几年来共发表论文210余篇，其中在国家核心期刊发表80余篇，被SCI或EI收录20篇；主编教育部 “十一五”规划教材、卫生部规划教材8部；参编著作与教材15部。积极开展科学研究，近年来共承担上级科研课题12项，各级教研课题14项；发表教研论文17篇；获省高校优秀科研成果一等奖2项，获省高校优秀科研成果二等奖2项，获省教委科技进步三等奖4项。医学化学学科2000年确定为省级试点课程，2005年被评为省级精品课程。2006年有机化学、药物化学均被评为校级精品课程，药剂学、分析化学被评为校级优质课程。