重庆医药高等专科学校的前身是创建于1948年的中国人民解放军华东野战军第一后方医院卫生学校；1950年，更名为西南区川东医士学校；1953年，改名为重庆市卫生学校，后更名为四川省重庆医士学校；1956年，学校一分为二，成立四川省重庆医士学校；1958年，升格为重庆医学专科学校，后更名为四川省重庆卫生学校；1998年，更名为重庆市卫生学校；2006年，重庆市药剂学校、重庆市卫生学校、重庆市第二卫生学校合并升格成立重庆医药高等专科学校。
截至2015年9月，重庆医药高等专科学校占地面积543亩，建有八个教学院部，开设22个高职专科专业；共有教师671人，在校生11000余人。
1948年春，学校创建于山东省广饶县，为中国人民解放军华东野战军第一后方医院卫生学校。
1950年春，学校随中国人民解放军第二野战军解放大西南进川入渝，落户重庆，后更名为西南区川东医士学校。
1951年春，由中华基督教卫理公会1924年创办的宽仁高级护士职业学校并入西南区川东医士学校。
1952年春，中国人民解放军皖西军区创建的川东军区卫生学校并入西南区川东医士学校，后更名为西南川东卫生学校。
1953年夏，西南川东卫生学校与西南药科学校、重庆工矿卫生学校合并，改名为重庆市卫生学校。后更名为四川省重庆医士学校。
1956年夏，四川省重庆医士学校一分为二，成立四川省重庆药剂学校和四川省重庆医士学校。
1958年夏，四川省重庆医士学校升格为重庆医学专科学校；同年秋，江津专区卫生学校在重庆江津诞生（后更名为四川省重庆第二卫生学校）。
1960年春，四川省重庆药剂学校升格为重庆卫生检验专科学校（1961年夏更名为四川省重庆药剂学校）。
1962年夏，由重庆基督教英美会仁济医院1921年创办的仁济高级护士职业学校和重庆天主教会仁爱堂医院
1943年创办的仁爱高级护士职业学校合并组建而成的四川省重庆护士学校并入重庆医学专科学校，后更名为四川省重庆卫生学校。
1980年秋，四川省重庆药剂学校被教育部确定为全国重点中等专业学校。
1998年春，重庆市直辖后，四川省重庆药剂学校、四川省重庆卫生学校、四川省重庆第二卫生学校分别更名为重庆市药剂学校、重庆市卫生学校、重庆市第二卫生学校。
2006年春，经国家教育部批准，重庆市药剂学校、重庆市卫生学校、重庆市第二卫生学校三校合并升格成立重庆医药高等专科学校。
2009年秋，入驻重庆大学城新校区。
2010年冬，顺利通过第一轮教学评估。
2011年春，该校江津校区整体置换移交江津区教委。此后，学校分大学城、沙坪坝、九龙坡三个校区运行，总占地618亩。
2013年夏，该沙坪坝校区整体搬入大学城校区。
2014年冬，顺利通过市级示范校建设验收。
2020年8月，入选第二批国家现代学徒制试点单位。
2020年起，学校与重庆科技学院联合开办“3+2专本贯通分段培养项目”本科专业。