自2001年教育部首批批准13所院校开设电子商务专业，至今全国已有327所高校开设了电子商务本科专业，从总体上看，各高校电子商务专业逐渐形成了以商务运作管理为主和以信息技术为主的电子商务人才培养模式，对专业培养目标、人才培养方式、课程体系设置等都处在摸索的阶段。
培养目标的定位缺乏准确性。电子商务是一个既宽又广的专业，必须有明确的培养方向和清晰的定位。如果不能清晰地界定所培养人才未来的就业方向，那么专业建设就会缺乏针对性，找不到着力点，在专业基础课和专业课选择上缺乏足够的依据，从而使教学计划的制订缺乏目的性、完整性和系统性，培养出来的人才没有适应性，缺乏竞争力。
课程体系的设置缺乏科学性。电子商务是一门跨学科的专业，主要涉及管理学、信息科学与技术、经济学、贸易学、法学等。目前电子商务专业课程设置的问题主要表现在两个方面：
一是技术类和门商务类方面的课程内容缺乏有机的整合，导致学生等知识构成上不系统、专业上不精通;
二是强于书本而等弱于实务，缺乏必要的案例教学和实务操作能力的培养师资的配备缺乏专业性。目前电子商务专业的教师，都是从计算机、网络等技术型专业或者经济管理、企业管理、市场营销等经济管理类专业转行过来的，其知识储备大多来自于电子商务教材，不够系统、深入和实用，还处在探索和学习阶段。由于大部分师资没有电子商务实战的经验，而且教师本身很少参与商业企业的实际运作管理，使得案例来源、案例讨论、创业指导、实习指导都受到了很大的限制，因此在从事电子商务教学时显得力不从心，直接影响到电子商务人才的培养质量。
山东水利技师学院通过实践教学的设置缺乏针对性。电子商务是一门实践性、应用性和动手能力很强的专业，虽然建立了商务实验室，安装了电子商务模拟软件，但模拟系统脱离了实际商业环境，甚至已经落后于现有的应用，而商务行为本身又是复杂多变的，如果将所有的商业行为都固化，事实上与书本教育并没有本质的区别，这种模拟练习不能真正培养学生的实际应用能力。