加州大学默塞德分校共有3个学院，分别为：工程学院、自然科学学院和社会科学/人文和艺术学院。
1. 工程学院：该学院的使命是将学生培养为未来的领导者，并创造一个不断改善的环境，让优秀的教师、学生和工作人员在研究、教育和服务中发展自己。工程学院的课程项目和研究旨在培养学生将先进的科学技术、关键理论同解决问题的技能相结合。本科专业有生物工程、计算机科学与工程等。
2. 自然科学学院：该学院的学术和研究项目为学生成就卓越和生命、物理和环境科学等广泛领域的前沿研究创造了环境。自然科学学院为学生在整个教育过程中获得宝贵的实地经验提供了很多机会。本科专业有应用数学科学、生物科学等。
3. 社会科学、人文和艺术学院：该学院致力于培养学生作为不同角色在社会上担当责任，并成为合格公民和领袖。SSHA作为研究密集型公立大学内的多学科合作伙伴，为本地区和国际社区均提供服务。本科专业有人类学、认知科学等。
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