对于许多计划前往日本攻读研究生的学生来说，如何选择专业是一个重要的问题。特别是文科生，由于大部分申请者都是纯日语背景，专业选择显得尤为关键。
对于文科生而言，被好的大学录取是首要目标。在日本，学校的综合实力是至关重要的考虑因素，导师和具体的研究方向也是不可忽视的。以下是14所国内可申请的优秀日本国立大学，供广大文科生参考：东京大学、京都大学、大阪大学、名古屋大学、东北大学、九州大学、北海道大学、筑波大学、神户大学、千叶大学、横滨国立大学、广岛大学、东京外国语大学以及御茶水女子大学。
在专业选择上，文科生主要可以选择文学、教育学、社会学、经营学、心理学以及国际交流和协作等专业。也有少部分学生选择高端的法学专业。值得注意的是，虽然文科申请没有明确的出愿条件，但N1 120分以上是申请的入门标准，最好能达到140分以上。例如，广岛大学的日本语教育专攻就取消了N1分数的要求。
对于理工科学生，由于专业性强，大部分申请者会选择与本科相关的专业。但也有一些学生希望探索新的领域。如果你打算转专业，最好辅修过相关课程或具有相关的工作或实习经验。推荐的学校包括东京大学、京都大学、大阪大学等。
对于理工科申请者，如果你的本科学校优秀，那么日语有N3/N2水平或者英语突出，都有可能申请到帝国大学。如果你的本科学校一般，那么可以通过三种方式来弥补：高GPA和奖学金、高语言成绩（其中英语的重要性大于日语，托福90或托业730可以申请，日语有N2足够），以及科研经历，包括项目、竞赛和实习经历，重视的是经历而非成果。
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