第一大误区：国内的在校成绩、毕业成绩、会考成绩、高考成绩等不重要
很多申请人都误认为，反正要出国留学，国内成绩就无所谓了。其实，日本的东京、横滨等很多地方，已经强化了对留学生成绩的考核。很多院校会以留学生在国内的成绩，来判断学生的学习能力。从递交材料方面来看，日本方面与中国教育部已达成协议，对投递者的高中生毕业成绩、会考成绩、高考成绩进行认证。成绩不同，学生申报学校的档次也会不同。
第二大误区：学习了日语就有日本大学的入学申请资格
部分的日本留学申请者还存在着这样的误区，自认为在国内念完高中，到日本学几年的日语后，就可以直接进入日本大学就读了。其实不然，留学日本必须有一定的语言能力，以及必须达到相应的进入日本大学就读的入学资格，这两个条件是并列的，不可以相互取代的。
第三大误区：在国内没有考上大学或理想大学就到日本留学
在中国没考上大学就到日本留学并非如此，到日本留学其艰苦性远远超过在国内。目前已有不少中国留日学生未能完成学业被困在日本的语言学校或专业学校，而且到日本留学也必须满足入学条件。
第四大误区：在国内时学不学习日语感觉无所谓
很多要去日本留学的申请者对国内的日语培训课程都不够重视。他们认为，在国内学不学日语是无所谓的，都觉得可以先去日本的语言学校学日语，然后再申请就读学校就可以了。其实建议准备留学日本的申请人参加J.TEST考试，这项考试是日本教育部门认可的一项考试，专门针对母语为非日语的人士。当申请人的日语达到二级水平，就可以直接申请日本短期大学或大学，这样还可以提前完成留学日本的学习计划。
第五大误区：认为有钱就能去日本留学，认为没钱也能去日本留学
很多去日本留学的申请人都认为，只要家里有钱就可以留学，这是一种不对的认知；反之，即使没有经济实力也能留学，也是不正确的。实际上，去日本留学所需要的经济担保并不是走过场，不仅要求留学生提供父母经济收入的完税证明以及税务部门出具的纳税证明，还要求递交父母3~5年内的收入合计，这对于很多中国留学生来说是相当困难的。建议申请人应该冷静计划，多考察、多选择，不一定非要往热点区域扎堆。
第六大误区：申请到了“在留资格认定书”就能拿到留学签证
有在留资格认定证明书，未必就能拿到留学签证。签证官在决定签证的时候，会非常关注申请人的日语学习能力和学习意志。有的申请人连基本的日语日常会话也不能应付，就很难使签证官相信他有能力在日本学习；有的申请人没有充分的经费证明，使得签证官怀疑其在日本留学的经济能力，从而遭到拒签。有一些去日本留学的申请人材料被使领馆发现有错误或者不真实，也会遭到拒签。这就是一些去日本留学的申请人虽然取得了“在留资格认定证明书”却没有拿到签证的原因。