1. **外国人登录手续**
在日本生活超过90天以上的人都需要到居住地所在的市（市或区役所）进行外国人登录。登录手续免费，需要携带护照和两张照片（45mmｘ35mm, 申请前六个月以内的照片）。登录后，会获得外国人登录证书，必须随身携带，以便在必要时出示。
2. **在留期间的更新**
在留期间到期前的10天至2个月内，可以持有效证明材料到入国管理局进行更新申请。所需材料包括在留资格更新申请书、护照、外国人登录证明书、入学许可书（或在学（籍）证明书）、成绩证明书（研究生提交研究成果证明材料）、经费支付能力证明材料（存款证明等）以及研究内容或听讲科目及时间数证明材料（研究生或科目履修生者需要）。手续费为4000日元。
3. **在留资格变更申请**
当留学身份发生变化时，如从语言生转为专门学校、大学、大学院留学生等，应到入国管理局进行在留资格更新申请。所需材料与在留期间更新申请相同。
4. **再入国**
在留期间，如需要临时离开日本，须办理再入国手续。再入国分为一次再入国和多次再入国（在签证有效期间可多次出入日本）。所需材料包括再入国许可申请书、护照、外国人登录证明书以及学生证或身份证。一次再入国手续费为3000日元，多次再入国手续费为6000日元。