东京农工大学独立奖学金
从2006年度开始，本校单独设立了奖学金制度。本奖学金制度的目的，是为了就培养能够担负本校基本理念——“使命志向型教育研究－为了美丽地球的可持续发展全校共同努力”（MORE SENSE ：Mission Oriented Research and Education giving Synergy in Endeavors toward a Sustainable Earth）的人材作出贡献，是为了鼓励进入博士后期课程、联合农学研究科或联合兽医学研究科学习的奖学金。
奖学生的资格：以符合下列①或②的条件者作为对象。
①从本校研究生院（博士前期课程、硕士课程及专业职学位课程）研究生毕业或预定研究生毕业者，预定进入本校研究生院博士后期课程（生物系统应用科学府共同先进健康科学专攻仅限学籍在本校者）或联合农学研究科博士课程学习。
②本校农学部兽医学科毕业或预定毕业者，预定进入本校研究生院博士后期课程（生物系统应用科学府共同先进健康科学专攻仅限学籍在本校者）或联合农学研究科博士课程学习、预定进入岐阜大学联合兽医学研究科学习，并被分配在本校学习。
奖学金的给付额：200,000日元
东京农工大学教育研究振兴财团奖学金
本校从2009年度开始，以东京农工大学教育研究振兴财团提供的捐款作为财源，设立了“东京农工大学教育研究振兴财团奖学金”制度。以学部（本科）学生为对象，就进入本校后的学业成绩进行正当评价，向学业优秀者提供奖学金给付，目的是以此鼓励大家提高学习的积极性。