东京工业大学、东京大学和东北大学是日本最著名的机械工程专业强校。东京工业大学以工程技术与自然科学研究为主，是日本顶尖的理工科大学之一。而东京大学则是日本最古老的大学，其生产技术研究所也依靠强大的机械学科能力。东北大学的机械门类多样，具有深厚的专业底蕴，为日本输送了大量工程技术类人才。
大阪大学、京都大学和名古屋大学也是机械工程专业的重要学府。大阪大学的机械学科依托生物、物理等基础学科，同时服务于智能机械、应用物理等专攻，非常强大。京都大学则是日本的老牌理科强校，其机械专业主要集中在微机学、流体方面（液压技术）的研究。名古屋大学的机械专业则涵盖了电子机械等机电一体化学科，是日本非常顶尖的专业之一。
还有一些其他大学在机械工程专业也有不错的表现，如九州大学、北海道大学、东京理科大学、早稻田大学、广岛大学、近畿大学和九州工业大学等。
日本有很多优秀的大学在机械工程专业领域，这些学校都提供了高质量的学术氛围和实践机会，为学生在该领域的职业发展奠定了坚实的基础。