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一般来说一个学院就一个系，也有些学院有两个系，算是对学院的进一步细分；每个系就有若干专业了。三者就是树的结构。
中国先行的大学有的大学实行学院制,有的大学实行系制.
实行学院制度的是在学校的下面设置各个学院,学院下面设置系,系下面设置专业,专业下面是班级
实行系制的是在学校下面设置系,系下面设置专业,专业下面是班级
大学的系是按学科门类划分的，比系大的是学院，学院是按学科大类划分的。也就是大学分为若干个二级学院，每个二级学院下设若干个系，每个系又设立若干个本科专业或研究生专业。
举个例子，北京大学下设数学科学学院、信息科学技术学院、物理学院、环境科学与工程学院、国际关系学院、基础医学院、工学院、外国语学院···
上面的工学院下设工业工程与管理系、力学与空天技术系、能源与资源工程系、生物医学工程系、先进材料与纳米技术系。前面的力学与空天技术系下设理论与应用力学本科专业。
再比如数学科学学院下设数学系、概率统计系、科学与工程计算系、信息科学系、金融数学系。数学系下设数学与应用数学本科专业。