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明清时期，人们从各个方面积累的生物学知识不断增加，比较鲜明地体现在本草学研究上。本草学著作的大量出现，标志着药用动植物研究的新发展这一时期的本草学著作主要有：明代医学家、药物学家李时珍的《本草纲目》；清代医学家赵学敏的《本草纲目拾遗》。
尤其是《本草纲目》，是一部具有世界性影响的医药学著作。对科研、临床、教学有重要的参考价值。这部巨著受到国内外科学界的重视，已被译成多种外国文字。
据说李时珍在41岁时被推荐到北京太医院工作。太医院的工作经历，给他的一生带来了重大影响，为他创造《本草纲目》埋下很好的伏笔。
李时珍利用太医院良好的学习环境，不但阅读了大量医书，而且对经史百家、方志类书、稗官野史，也都广泛参考。与此同时，李时珍仔细观察了国外进口的以及国内贵重药材，对它们的形态、特性、产地都一一加以记录。
在太医院工作一年左右，为了修改本草书，他再也不愿耽搁下去了，借故辞职。
李时珍在回家的路上，有一天投宿在一个驿站。他遇见几个替官府赶车的马夫，围着一口小锅，煮着连根带叶的野草，就上前询问。
马夫告诉他说：“我们赶车人，长年累月地在外奔跑，损伤筋骨是常有之事，如将这药草煮汤喝了，就能舒筋活血。”马夫还告诉他，这药草原名叫“鼓子花”，又叫“旋花”。
李时珍从马夫这里知道了旋花有“益气续筋”之用，于是将这个经验记录了下来。
这件事使李时珍意识到：要想修改好本草书，就必须到实践中去，才能有所发现。经过多年的研究和野外考察，他在75岁时写成了《本草纲目》一书。《本草纲目》是我国古代本草学上的巨著，达到了科学水平的一个新的高度，对生物学的发展也有重大的推动作用。
在《本草纲目》所载的全部药物中，有324种是李时珍新记的。记有植物药1089种，除去有名未用的153种以外，实有936种。还记有动物药400余种。分列“释名、集解、正误、修治、气味、主治、发明”等项加以说明。
这部著作的重要意义在于分类更倾向自然性，用起来也方便；形态描述更详细、准确，同时还纠正了不少以前的讹传和不实之词。
《本草纲目》将药物分成水、火、土、金石、草、谷、菜、果、木、服器、鱼、鳞、介、禽、兽、人16部。各部又细分为子类。如在草部下就分为山草、芳草、隰草、毒草、蔓草、水草、石草、苔、杂草、有名未用等类。
从这个分类来看，李时珍完全摒弃了上、中、下三品分类法，采用的分类依据是习性、形态、性质、生态等。他对药物的考察非常深入仔细，常将具有相似疗效的植物排列在一起，说明他工作的深入。
李时珍详细地阅读过大量本草文献，并亲自对许多药物进行过细致观察，因此他在药用动植物形态描述方面通常比前人的详尽。这在指导人们寻找药物和鉴别药物有很突出的价值。
比如蛇床子，在以前的本草著作中没有形态描述，只记载了别名、产地。《本草纲目》在罗列了前书有关文字后，接着说，“其花如碎米攒簇，其子两片合成，似莳萝子而细，亦有细棱。”由此我们可以看出，《本草纲目》对植物形态的认识逐渐从表及里，从粗到细。反映了人们对植物和动物的认识的进步。
李时珍在订正前人的错误、谬说方面也做了大量出色的工作。他批驳了服食丹药和蝙蝠能长生的说法，证实了某些医生所说的多食乌贼鱼会使人不育，掏鹳的幼雏会导致天旱的说法，是没有根据的。
他还指出草籽不能变成鱼，也弄清楚五倍子是虫瘿、鲮鲤吃蚁等。这些内容，大多反映在《本草纲目》中的“正误”和“发明”等项中，充分反映了李时珍的注重实践精神。
《本草纲目》的产生和成就的取得不是偶然的。自宋代以来，人们就积累了丰富的本草学知识，为明代的发展准备了条件。明代初中期还涌现了一批各具特色，内容新颖充实的本草著作，如《救荒本草》和《滇南本草》，这些也在客观上促进了一些大型的、总结性的著作出现。
在李时珍后较长一段时期，本草学没有大的发展。至清代赵学敏的《本草纲目拾遗》这一著作的出现，才改变了这一局面。
自《本草纲目》成书以后到赵学敏又历200余年。这期间民间的医药知识得到了很大发展，很有必要进行收集整理。
赵学敏是清代医学家。他在研究本草学方面非常严谨。从他的著作中可以看出，他经常深入民间，通过调查访问来取得第一手资料。
他注重实证，不轻信文献。药物经过临床证实，确有疗效的他才收入书中，否则“宁以其略，不敢欺世也”。他还亲自在药圃中种植药用植物，详细观察其生长情况和形态特征。
赵学敏这种实事求是的科学态度，是他在本草学上取得辉煌成就的主要原因。
赵学敏编著的《本草纲目拾遗》是一部为了弥补明代医学家李时珍《本草纲目》之不足而作的本草学著作。内容十分丰富，为中医药学增添了大量的用药新素材。
本书所载药物绝大部分是《本草纲目》未收录的民间药，或已见于当时其他医书上应用的品种。同时也包括一些进口药，如金鸡勒，东洋参、西洋参、鸦片烟、日精油、香草、臭草、烟草等。
在药物的分类方面，赵学敏也有所创新。他除依《本草纲目》将植物分为草、木、果、谷、蔬等部外，还另立“花部”和“藤部”。
他认为《本草纲目》无藤部，以藤归蔓类不合理。木本为藤，草本为蔓，不能混淆，应立藤部。他还集中各种以花知名的植物为花部。另外，他对设立“人部”的依据说法很不以为然，故在他的著作中删掉了“人部”。
《本草纲目拾遗》对研究《本草纲目》和明代以来药物学的发展，是一部十分重要的参考书。它是清代最重要的本草著作，标志着我国药用动植物学的新发展，一直受到海内外学者的重视。