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2013年3月，泸州医学院启动更名“四川医科大学”工作，并将其列入学校“十二五”发展战略的重点工作之一。泸州医学院建立了8个专项工作小组具体负责材料撰写等工作任务，各小组组长均由该校领导担任。
2013年年6月，四川省副省长黄彦蓉召集泸州市、四川省教育厅、学校主要负责人召开专题会议，研究同意学校更名四川医科大学列入四川省政府“十二五”规划。7月，泸州市委书记蒋辅义带领市发改、国土资源、住建、环保、卫生、教育、国资、体育等部门负责人，到泸州医学院城北校区调研工作，现场解决问题。他要求，要拿出超常规举措，落实专人负责，跟踪盯紧各项报件的审批，“泸州医学院更名为四川医科大学一事必须成功”。事实上，泸州市委其后还专门成立了“推进泸州医学院新区建设和更名工作领导小组”，蒋辅义亲任组长。
2014年，更名成了泸州医学院全校整年的中心工作。4月21日，泸州医学院发给四川大学的函件，里面称：“泸州医学院根据事业发展的需要，拟将学校更名为‘四川医科大学’，经核查该名称与贵校华西医学中心历史上所使用过的‘华西协和大学’、‘华西大学’、‘四川医学院’、‘华西医科大学’名称不重合，请贵校大力支持我校更名工作。”
2014年5月27日，四川大学校务会对泸州医学院更名问题进行了研究，明确做出了“不同意给予泸州医学院证明”的决定，并专门给泸州医学院回函表明立场，同时将回函抄送给四川省教育厅。
2015年2月26日，教育部官网发布《关于2015年新设置高等学校和经过筹建“去筹”正式设立高等学校的公示》，泸州医学院更名“四川医科大学”也在公示之列，公示期20天。教育部称，公示期间从未收到任何单位和个人反映不同意见。
2015年4月28日，教育部发函同意泸州医学院改名“四川医科大学”。其后，新校门、新校徽、新公章、新官网陆续发布。
这一更名引起四川大学华西医学中心海内外老校友的反对。随后，将近900名老“川医”校友在给教育部长的公开联名信后署名，其中30%来自海外。他们要求撤销这一决定。
2015年6月6日，“四川医科大学”的新校牌正式授予，泸州市委市政府还为该校颁发了总额为1亿元的“高端人才引进基金”。6月11日，该校发布公开招聘公告，招聘教学、教辅工作人员等共计80人。
2015年6月9日，四川大学也正式向教育部发函，表态“不同意泸州医学院更名为四川医科大学”。四川大学校长办公室有关负责人还透露，校方如今“已正式向教育部提起行政复议”。
2015年6月16日，南方都市报以《泸州医学院更名四川医科大学 四川大学发函反对》为题进行报道，引发舆论关注。
2015年6月17日下午，教育部派专人到四川大学听取意见，川大提出“为何在川大明确答复不同意的情况下泸州医学院仍坚持使用此名”、“为何泸州医学院更名专家评审委员会中无川大医学权威”等质疑。
2015年6月19日，教育部新闻发言人续梅称，针对该起行政复议，教育部规划司等相关部门正在研究，听取多方意见，暂未有明确结果。
2015年6月27日，四川医科大学（原泸州医学院）学生中传出消息称，教育部要求将其校名改为“四川第二医科大学”。
2015年6月28日，网友上传的图片显示，多名四川医科大学学生表达观点，“扎根基层服务全川实至名归有何不可”、“竭尽全力捍吾川医大”，有的还表示“四川医科大学学生会全力捍卫我校更名成果”，还有不少学生说要“坚决捍卫合法合理的四川医科大学”。从图片能看出，有些学生在挥舞胳膊，情绪激动。
2015年12月14日，教育部发函（教发函[2015]144号）同意四川医科大学更名为西南医科大学。
2016年1月17日，四川医科大学再次更改，新校名：“西南医科大学”的招牌挂上。相对上次更换校名的八方朝贺，此次，泸州医学院显得低调，但依旧无法阻止校名的再掀波澜。网友“华西川医”在微博上发布了多张显示为“西南医科大学”校名招牌的图片。图片中学校门口的公交站牌显示，泸州市222路、236路、288路公交车在该站点的站牌已经写上了“西南医科大学”的新站名。
2016年1月19日，多个消息源显示，作为第三军医大学附属第一医院的西南医院，势必反对这一更名。
2016年1月26日，教育部相关负责人对泸州医学院再次更名事件中的热点问题作出了解释：1、考虑到高校校名之间历史和传承关系以及区域高等学校布局结构实际情况，为维护相关高校合法权益与教育系统和谐稳定局面，同时从贯彻十八届五中全会精神，增强高等教育服务西南地区基层医疗卫生事业发展能力，优化区域高等教育布局出发考虑，所以同意四川医科大学更名为西南医科大学。 2、变更为‘西南医科大学’并不意味着学校层次规格的提高，而是反映了教育部和四川省希望该校利用其地域优势，发挥其办学特色，更多承担服务西南地区基层医疗事业的功能定位。3、针对此前“泸医”更名为四川医科大学时曾予以公示，而此次更名却未见公示一事，根据有关法律法规的规定和要求，“四川医科大学”更名为“西南医科大学”属高校名称同层次变更，由教育部直接审批，并无公示的程序要求。