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就业选择的结构性矛盾突出表现在地域差别上。药学类毕业生主要选择在京、津、沪和浙、苏、粤、鲁的沿海城市、省会城市就业，而一些著名的大型药企由于地域问题，很难招到满意的人才。在岗位方面，毕业生到制药企业从事生产和销售居多，这方面人才也是企业招聘的主体。据介绍，在北京大学医学部药学院，学生的就业志愿主要是北京三甲医院的药房。但调查结果显示，这方面的需求很少。
药学专业毕业生主要分配到制药厂和医药研究所从事各类药物开发、研究、生产质量保证和合理用药等方面的工作，也有很多人从事药品销售代理。
科研人员——在研究所、药厂的研究部门，从事药物的研发工作;
医院药剂师——在医院药剂科，从事制剂、质检、临床药学等工作;
药检人员——在药检所从事药物的质量鉴定和制定相应的质量标准;
公司职员——在医药贸易公司或制药企业从事药品生产、流通及国内外贸易。